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Bio :: Grafica :: pannello Descrizione

BIO :: Grafica :: Panel è un modulo Perl per generare immagini GD di BIO :: oggetti SEQ. Bio :: Graphics :: Panel è un modulo Perl per generare immagini GD di BIO :: SEQ Objects.Synopsis # Questo script analizza un file Genbank o EMBL denominato sulla riga del comando e produce un rendering PNG. Chiamalo come questo: # render.pl my_file.embl | display - usa rigoroso; Usa Bio :: Graphics; Usa bio :: seqio; il mio file $ = Shift o Die "Fornisci un file di sequenza come argomento"; My $ IO = BIO :: seqio-> Nuovo (-File => $ file) o Die "Impossibile creare BIO :: seqio"; My $ seq = $ Io-> next_seq o morire "Impossibile trovare una sequenza nel file"; My @Features = $ SEQ-> ALL_SEQFeatures; # Ordina caratteristiche dai loro tag primari la mia% ordinata_features; per i miei $ f (@features) {my $ tag = $ f-> primary_tag; push @ {$ ordinzzato_features {$ tag}}, $ f; } My $ Panel = BIO :: Grafica :: Panel-> Nuovo (-length => $ Seq-> lunghezza, -key_style => 'tra', -width => 800, -pad_left => 10, -pad_right => 10,); $ Panel-> Add_track (freccia => Bio :: seqFeature :: Generico-> Nuovo (-start => 1, -end => $ Seq-> lunghezza), -BUMP => 0, -Double => 1, - tick => 2); $ Panel-> Add_track (Generico => Bio :: seqFeature :: Generico-> Nuovo (-Start => 1, -end => $ Seq-> Lunghezza), -GLYPH => 'Generico', -BGCOLOR => ' blu ', -label => 1,); # Caso generale My @Colors = QW (cyan arancione blu viola verde chartreuse magenta giallo aqua); My $ IDX = 0; per il mio tag $ (Sort Keys% ordinato_Features) {My $ Funzionalità = $ ordinamento_features {$ tag}; $ Panel-> add_track ($ Funzionalità, -GLYPH => 'Generico', -BGColor => $ Colori , -FGColor => 'Black', -FGColor => 'Black', -FORONT2COLOR => 'RED' > "$ {tag} s", -bump => +1, -Height => 8, -label => 1, -description => 1,); } Stampa $ Panel-> PNG; $ Panel-> finito; EXIT 0; The Bio :: Graphics :: Panel Class fornisce servizi di disegno e formattazione per qualsiasi oggetto che implementa l'interfaccia BIO :: seqFeaturei, incluso ACE :: Sequenza :: Funzione e DAS :: Segmento :: Funzione. Può essere utilizzato per disegnare annotazioni di sequenza, mappe fisiche (contig) o qualsiasi altro tipo di mappa in cui è necessario disporre un insieme di intervalli discreti sulla linea numerica. Il modulo supporta uno stile di disegno in cui ogni tipo di funzionalità Occupa una "traccia" discreta che attraversa la larghezza del display. Ogni traccia avrà il proprio "glifo" distintivo, una rappresentazione grafica configurabile della funzione. Il modulo supporta anche uno stile più flessibile in cui diversi tipi di caratteristiche e i loro glifi associati possono occupare la stessa traccia. La scelta del glifo è sotto controllo del tempo di runtime.Santico zoom (ad esempio, cambiando il tipo di glifo a seconda della densità delle funzioni) è supportato da un sistema di callback per le variabili di configurazione. Il modulo ha un supporto incorporato per BIO :: fogli di stili DAS, e la configurazione da stili da stili può essere intermixata con zoom semantico, se lo desiderato. È possibile aggiungere una chiave all'immagine generata utilizzando uno dei due stili chiave. Uno style posiziona le didascalie chiave nella parte superiore di ogni traccia. L'altro stile genera una chiave grafica nella parte inferiore dell'immagine. Nota che questo modulo dipende da GD. L'uscita SVG opzionale dipende da GD :: svg e svg.requirements: · Requisiti perl: · Perl.

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