Bio :: Das. Interfaccia al sistema di annotazione distribuita
Scarica ora

Bio :: Das. Classifica e riepilogo

Bio :: Das. Tag

modulo Perl interfaccia perl DAS Sistema di annotazione distribuita Interfaccia DAS.

Bio :: Das. Descrizione

Interfaccia per il sistema di annotazione distribuita BIO :: DAS è un modulo Perl che fornisce accesso ai database di sequenziamento e annotazione del genoma che esportano i propri dati in formato Distributed System ANNOTATION (DAS) versione 1.5. Questo sistema è descritto su http://biodas.org. Sia non crittografati (http :) e ssl-crittografati (HTTPS :) I server DAS sono supportati. (Per eseguire SSL, avrai bisogno di IO :: presa :: SSL e NET :: Ssleay installato) .synopsis Uso BIO :: DAS; # API seriale My $ DAS = BIO :: Das-> Nuovo (-Source => 'http://www.wormbase.org/db/das', -dsn => 'elegans', -ggregars => ); My $ segmento = $ Das-> Segmento ('CHR1'); My @Features = $ segmento-> Caratteristiche; My $ DNA = $ segmento-> DNA; # API parallelo # Crea un nuovo Agente DAS con Timeout di 5 secondi My $ Das = Bio :: Das-> Nuovo (5); # Fetch Caratteristiche dai server WormBase Live and Development che attraversano due segmenti sul cromosoma I my @request = $ Das-> Caratteristiche (-DSN => , -segment => ); per la mia richiesta $ (@REQuest) {IF ($ richiesta-> IS_SUCCESS) {stampa " Risposta da ", $ Richiesta-> DSN" "; My $ Risultati = $ Richiesta-> Risultati; per il mio segmento $ (Keys% $ Risultati) {My @features = @ {$ risultati -> {$ segmento}}; stampa" ", join", $ segmento, @caratteristiche," ";}} else {#error warn $ richiede-> DSN,": ", $ Richiesta-> Errore" ";}} # Stessa cosa, ma usando un callback: $ Das-> Caratteristiche (-DSN => , -segment => , -Callback => sub {My $ Feature = Shift; My $ segmento = $ funzionalità-> segmento; my ($ avvio, $ end) = ($ feature-> Start, $ feature-> End); Stampa "$ segmento => Funzionalità $ ($ avvio, $ End) "; } ); Requisiti: · Perl.

Bio :: Das. Software correlato