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BIO :: Strumenti :: RUN :: Analysis è un modulo Perl che rappresenta uno strumento di analisi (remoto o locale). Bio :: Strumenti :: Esegui :: Analysiss è un modulo Perl che rappresenta qualsiasi (telecomando o locale) Strumento di analisi ..Synopsis # Esegui analisi 'seqret' utilizzando una posizione predefinita e un metodo di accesso # predefinito (il che significa utilizzare un servizio Web presso EBI ) Usa BIO :: Strumenti :: RUN :: analisi; Stampa nuova Bio :: Strumenti :: Esegui :: Analysis (-Name => 'Modifica :: Seqret') -> wait_for ({sequence_direct_data => 'tatatactatatacga', osformat => 'embl'}) -> Risultato ('outseq '); # Esegui un lavoro più lungo senza aspettare il suo completamento Usa Bio :: Tools :: Run :: Analysis; My $ Job = New Bio :: Strumenti :: Esecuzione :: Analysis (-Name => 'EDIT :: SEQRET') -> RUN ({sequence_Direct_Data => 'tatatactatataCga', Osformat => 'EMBL'}); # ... e dopo un po '$ Job-> Risultato ("outseq"); # Ottieni tutti i risultati nella stessa invocazione (come riferimento HASH # con i nomi dei risultati come tasti) - Lasciare che il modulo decida quale numero # I risultati sono binari (immagini in questi esempi) e salva quelle # in file (o file); Mostra anche come dire che il modulo # dovrebbe leggere i dati di input da un file locale prima utilizzare Bio :: Strumenti :: Esegui :: Analisi; My $ Results = New Bio :: Strumenti :: Esecuzione :: Analysis (-name => 'alignment_multiplem :: prettyplot') -> wait_for ({msf_direct_data => '@ / home / testdata / my.seq'}) -> Risultati ('?'); Utilizzare i dati :: Dumper; Stampa Dumper ($ risultati); # Ottieni nomi, tipi di tutti gli input e i risultati, # Get Short and Dettagliato (in XML) Descrizione del servizio Utilizzare BIO :: Strumenti :: Esegui :: Analisi; My $ Service = New Bio :: Strumenti :: Run :: Analysis (-Name => 'Modifica :: seqret'); My $ HASH1 = $ Service-> Input_spec; My $ HASH2 = $ Service-> Result_spec; My $ HASH3 = $ Service-> Analysis_spec; My $ XML = $ Service-> Descrivi; # Ottieni attuale stato di lavoro Usa Bio :: Strumenti :: Esegui :: analisi; Stampa nuova BIO :: Strumenti :: Esegui :: Analysis (-Name => 'EDIT :: SEQRET') -> RUN ({# ... DATA DI INPUT ...}) -> Stato; # Esegui un lavoro e stampare il suo ID di lavoro, conservare il lavoro Uso distrutto da usare Bio :: Strumenti :: Run :: Analysis; My $ Job = New Bio :: Strumenti :: Esegui :: Analysis (-Name => 'Modifica :: Seqret', -Destroy_on_exit => 0) -> Esegui ({sequence_direct_Data => '@ / home / TestData / MZEF. Seq '}); Stampa $ lavoro-> ID. "n"; # ... Stampa (ad esempio): # modifica :: seqret / c8ef56: EF535489AC: -7FF4 # ... In un'altra volta, su un altro pianeta, potresti dire Utilizzare BIO :: Strumenti :: Esecuzione :: Analisi; My $ Job = New Bio :: Strumenti :: Run :: Analysis :: Job (-name => 'Modifica :: seqret', -id => 'modifica :: seqret / c8ret / c8ef56: EF535489AC: -7FF4'); Stampa JOIN ("N", $ Job-> Stato, 'Finito:'. $ Job-> terminato (1), # (1) significa 'formattato' 'tempo trascorso:'. $ Job-> trascorso, $ lavoro- > Last_event, $ lavoro-> Risultato ('outseq')); # ... o puoi ottenere lo stesso modulo di mantenimento # BIO :: Strumenti :: Run :: Analysis :: Job Invisible Usa Bio :: Tools :: Run :: Analysis; My $ Job = New Bio :: Strumenti :: Esegui :: Analysis (-Name => 'Modifica :: Seqret') -> Create_job ('modifica :: seqret / c8ef56: EF535489AC: -7FF4'); Stampa join ("n", $ lavoro-> stato, # ...); # ... e successivamente puoi liberare questa risorsa di lavoro $ lavoro-> rimuovi; # # --- Vedi Descrizione per l'utilizzo del generatore 'applmaker.pl': # Requisiti: · Perl.

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