Robin. Un semplice utilizzo di dati microarray preprocessore che supporta tutte le comuni piattaforme di microarray
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Robin. Descrizione

Attualmente, diversi programmi commerciali come Genespring con un'interfaccia utente ricca e semplice per analizzare statisticamente gli microarray sono disponibili. Tuttavia, questi sono solitamente molto costosi e potrebbero persino richiedere un abbonamento annuale D'altra parte, ci sono strumenti gratuiti e open source come Bioconductor che offrono grandi opzioni statistiche e supporto gratuitamente, ma questa potenza viene spesso al prezzo dell'usabilità, poiché questi strumenti spesso presentano solo un'interfaccia della riga di comando o solo molto Interazione utente di base. Infine, ci sono strumenti come RMA Express che offrono un'interfaccia utente ricca ma solo un set di opzioni molto limitato. Robin tenta di colmare questo divario fornendo un'interfaccia grafica per user friendly flessibile per scatenare la potenza di r / bioconduttore per il singolo biologo. Robin arriva come un file installabile, che installa anche i framework R e Bioconductor. Attualmente, utilizzando Robin è possibile normalizzare i dati Affymetrix e i dati generali di matrice a due colori o singoli oi canali singoli utilizzando un intervallo di diversi metodi di normalizzazione. Inoltre, Robin offre una varietà di metodi di controllo della qualità che possono essere utilizzati per ottenere una panoramica della qualità e della struttura tecnica dei dati sperimentali. Utilizzando il progettista di esperimento grafico incorporato, i ricercatori possono definire quali sono possibili campioni da confrontare (anche anche combinazioni di campioni) e infine producono un insieme completo di tabelle e grafici che forniscono risultati dettagliati dell'esperimento come il cambio di piega del registro (M), Valori di espressione media (A) a una probabilità (regolabile dall'utente) per espressione differenziale. Le tabelle che riassumono le informazioni sui primi 100 geni regolamentati differenzialmente e diversi grafici visualizzano anche la qualità di ciascun chip. I risultati possono essere importati direttamente in Mapman e Pageman per la visualizzazione e un'ulteriore analisi. Robin ti offre una soluzione completa per l'analisi del microarray e l'elaborazione dei dati.

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