neurocostruire Modellazione neurale neurale biofisicamente dettagliata 3D
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rete neurale rete neurone neuroscienze computazionali

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Neurocostruire è un'applicazione affidabile creata per semplificare lo sviluppo di reti complesse di neuroni biologicamente realistici, cioè modelli che incorporano morfologie dendritiche e conduzioni di membrana cellulare realistiche. È implementato in Java e genera file di script per i simulatori Neuron e Genesis, con supporto per altre piattaforme di simulazione (compresi PSICS, Moose e Pynn) in fasi avanzate di sviluppo. Utilizza le ultime specifiche Neuroml, tra cui Morphml, ChannelML e NetworkML. Lo sviluppo di questo software è stato reso possibile con finanziamenti dalla fiducia del Wellcome, dal Consiglio di ricerca medico e dal progetto Sinapse dell'UE. Caratteristiche principali: Neurocostropo può importare i file di morfologia in formato Genesi, Neuron, Neurolucida, SWC e Morphml per l'inclusione in modelli a cellule singole o di rete, o più cellule astratte possono anche essere costruite manualmente. Creazione di reti di neuroni basati sulla conduttanza posizionati in 3D I modelli di connettività complessi tra i gruppi di celle possono essere specificati per le reti Gli script di simulazione possono essere generati per i simulatori basati su neuroni, Genesis, Moose, PSICS e PINNN (Nota: non tutti i progetti possono essere generati per ogni simulatore) I meccanismi cellulari biofisicamente realistici (sinapsi / meccanismi di canale) possono essere importati da file di script nativi (* .mod o * .g) o creato da modelli utilizzando ChannelML Generazione automatica del codice per registrare i dati di simulazione e la visualizzazione / analisi dei dati in Neurocostruire Le esecuzioni di simulazione registrate possono essere visualizzate e gestite tramite l'interfaccia del browser di simulazione Un'interfaccia di scripting a base di Python può essere utilizzata per controllare la generazione e l'esecuzione del modello, consentendo di eseguire più simulazioni per l'esecuzione di più simulazioni per l'ottimizzazione del modello di cella e di rete

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