mmass. Diversi moduli e strumenti per la gestione della produzione di proteine e l'interpretazione dello spettro di massa
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mmass. Descrizione

Programma Mmass presenta un pacchetto multi-piattaforma open source di strumenti semplici per analisi dei dati spettrometriche di massa. L'applicazione MmaSS consiste in diversi moduli e strumenti per la gestione della sequenza proteica e l'interpretazione dello spettro di massa con particolare attenzione ai compiti proteomici comuni. Caratteristiche principali: Supporto multiplo Formato: Mmass supporta diversi formati di spettrometria di massa, come MZData e MZXML. Spettri di massa o di picco I dati possono anche essere facilmente importati da semplici file ASCII composti da due colonne (valori M / Z e valori di intensità) separati da una scheda, spazio, virgola o punto virgola. Inoltre, c'è un supporto per i dati nativi da strumenti Bruker Daltonic Flex Series. Una delle caratteristiche popolari di Mmass è la possibilità di aprire un documento vuoto e creare manualmente picco. Questa funzione è particolarmente utile in quei casi in cui è disponibile l'immagine dello spettro o l'elenco stampato dei picchi etichettati. Elaborazione dei dati: Infine, ci sono funzioni di elaborazione come raccolta automatica del picco, deisotoping, correzione di base e levigatura. Calibrazione : Due metodi sono disponibili per la ricalibrazione dei dati. La calibrazione interna è il metodo di calibrazione classico, utilizzando valori di riferimento interni. L'ampio elenco di valori di riferimento interni è disponibile e i nuovi valori possono essere facilmente aggiunti. La calibrazione statistica, a volte chiamata auto-calibrazione, è un metodo speciale disponibile per spettri di massa del peptide. Per entrambi i metodi, è possibile utilizzare il raccordo lineare o quadratico. Strumenti di sequenza: Mmass fornisce un editor di sequenza interno, che può essere utilizzato per realizzare qualsiasi sequenza proteica o peptidica disponibile per altri moduli. Qualsiasi modifica può essere applicata come fissa o variabile. L'utensile Digest proteico può essere utilizzato per generare un elenco di peptidi derivanti da una digestione enzimatica o chimica del silico della sequenza di proteine specificata. Allo stesso modo, lo strumento di frammentazione peptide genera un elenco di frammenti di peptidi comuni. In entrambi i casi, tutte le possibili combinazioni di modifiche variabili sono calcolate e il risultato può essere facilmente confrontato con i dati misurati. Inoltre, la sequenza può essere cercata per una massa peptidica specifica per strumento di ricerca sequenziale per identificare la cleavaggio non specifico ecc. Calcolatrice di massa: Lo strumento di massa del calcolatore di massa può essere utilizzato per simulare il modello isotopico della formula data e lo spettro del profilo generato può essere facilmente confrontato con i dati reali. Ricerca composta: L'utensile di ricerca composto può essere utilizzato per cercare qualsiasi composto specificato dall'utente nello spettro. Ogni composto è specificato come formula molecolare, quindi sia la massa monoisotopica o media può essere una ricerca con qualsiasi accusa. Inoltre alcuni addotti possono essere cercati anche. Differenze di picco: L'interpretazione degli spettri di massa comporta tipicamente un controllo apparentemente senza fine delle differenze tra tutti i picchi in uno spettro. Tuttavia lo strumento di differenze di picco è in grado di generare semplicemente una tabella di tutte le differenze tra i picchi nella massima list. Questa tabella può quindi essere utilizzata per confrontare automaticamente, all'interno di una tolleranza specificata, ogni differenza con le rispettive masse di tutti gli amminoacidi, calcolati diabiti o valore di massa specificato. . Ricerca mascotte: Sebbene la spettrometria di massa sia uno strumento molto popolare per l'identificazione delle proteine, non sarebbe possibile senza gli strumenti disponibili pubblicamente on-line. Mmass fornisce un'interfaccia che consente di inviare direttamente i dati ai tre strumenti principali disponibili sul sito Web della mascotte; Impronta digitale di massa peptide, interrogazione di sequenza e ricerca ionica MS / MS / MS.

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