Voroprot. Uno strumento per l'analisi delle caratteristiche geometriche della struttura proteica
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Voroprot. Classifica e riepilogo

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Voroprot. Descrizione

La capacità di analizzare e visualizzare le caratteristiche geometriche della struttura di proteine tridimensionali (3D) è fondamentale per gli studi di piegatura proteica, imballaggio dei residui, docking, interazioni proteiche proteiche, ecc. Alcune delle strutture geometriche avanzate consentono di eseguire tale un'analisi in modo completo. Con questo obiettivo in mente, abbiamo sviluppato Voroprot, uno strumento interattivo per l'analisi delle caratteristiche geometriche della struttura proteica. In particolare, abbiamo deciso di fornire alcuni dei metodi geometrici, non inclusi in altri pacchetti software simili. Voroprot costruisce e visualizza il diagramma Apollonius (noto anche come diagramma di Voronoi di sfere) e grafico Apollonius (noto anche come triangolazione Delaunay di sfere) di atomi proteici, considerando ogni atomo di essere una sfera 3D di Van der Waals Radius. Voroprot deriva gli atomi di proteine Atomi di contatto Superfici e superfici accessibili a solvente dal diagramma Apollonius e consente la loro visualizzazione. Inoltre, può trovare e visualizzare cavità all'interno della struttura proteica. Per costruire il diagramma Apollonius a Voroprot, abbiamo utilizzato la nostra implementazione algoritmo, che può essere applicata non solo per gli atomi proteici, ma anche per qualsiasi set di punti o sfere in 3D. Dare a Voroprot a cercare di valutare pienamente le sue capacità!

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