Vista sul mare Questa applicazione è in grado di leggere e scrivere vari formati di allineamento.
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Leggi sequenza Allineamento del testo Lettura dei formati di allineamento alignment editor grafico i formati di allineamento write allineamento applicazione di scrittura creare allineamento allineamento documento Allineamento Visualizeation. manipolare l'allineamento Manipolazione dell'allineamento precisione dell'allineamento Allineamento delle proteine Allineamento multiplo Editor di allineamento metodo di allineamento Visualizza l'allineamento Allineamento giuntato Analisi dell'allineamento a coppie Analizzare l'allineamento a coppie Visualizza il file di allineamento visualizzare il file di allineamento analisi allineamento Allineamento della pagina

Vista sul mare Descrizione

Seaview è un'applicazione software progettata specificamente per aver aiutato a studiare e analizzare gli allineamenti di sequenza e la filogenia molecolare. Integra le abilità per la lettura e la scrittura di vari formati di file, come Nexus, MSF, Clusal, Fax, Phylip, Mase e Newick Files. Packagethis portatile è un programma standalone che può essere eseguito direttamente sul tuo computer senza essere installato in modo da altera le informazioni sulla configurazione del registro di Windows. È possibile memorizzare l'utilità su qualsiasi dispositivo di archiviazione come unità flash USB. La parte migliore quando si utilizzano strumenti portatili è che non è necessario che i privilegi di amministratore per eseguire i programmi in quanto non lasciano file o impostazioni sul computer host. L'utente interfacciabile la GUI non impressiona molto nel reparto visivo, è in realtà pratico e facile da lavorare. Il supporto di trascinamento del drag-and-drop è anche nell'elenco delle funzioni in modo da poter importare rapidamente i dati da un file esterno. È possibile utilizzare scorciatoie da tastiera per esplorare i dati o premi i clic del mouse per selezionare elementi e spostare sequenze selezionate in un altro posto in un allineamento. Lo strumento può anche essere eseguito utilizzando la riga di comando. Importazione / Esportazione OPTIONSIDE Dai formati file supportati che sono stati elencati nell'introduzione, è possibile aggiungere informazioni da vari database, come EMBL, Genbank e SwissProt / UniProt. Inoltre, è possibile salvare l'allineamento nel file corrente o nell'esportazione dei dati in un file, salvare l'allineamento in formato file PDF (è stata data la libertà di modificare il carattere, il blocco e il formato della carta, cambiare il colore e in uscita solo siti variabili dell'allineamento e delle loro posizioni). Ti è permesso aggiungere un allineamento alla fine di un altro per nome o grado. Modifica delle funzioni e dell'allineamento OpzioniSeaView ti offre la possibilità di copiare le sequenze selezionate negli Appunti, incollare i dati di allineamento dagli Appunti, selezionare tutte le sequenze dall'allineamento, rinominare la sequenza attualmente selezionata, modificare i commenti, oltre a modificare una sequenza incollando dati o apertura di due pannelli di sequenza di modifica e informazioni di trasferimento tra di loro. Altri compiti a portata di mano che possono essere applicati alle sequenze, fare riferimento a Eliminazione, creazione e caricarli. Inoltre, è possibile duplicare e invertire loro, eseguire un'analisi della trama DOT, eliminare tutti i siti di gap dall'allineamento e impostare il codice genetico per la traduzione di proteine la sequenza selezionata. Quando si tratta di azioni che aiutano a gestire gli allineamenti, è possibile eseguire l'allineamento target su tutte o sequenze selezionate, siti selezionati o un profilo (in particolare un gruppo di sequenze pre-allineate). Le impostazioni di configurazione e altri potenti strumenti consente di impostare la dimensione del carattere utilizzata per visualizzare sequenze, visualizzare le sequenze di DNA come proteine, utilizzare le regole del colore per la definizione delle sequenze di proteine, generare statistiche sulle composizioni di sequenza di base o di amminoacidi, specificare i conteggi di transizione e transversit Parti di un allineamento multiplo da memorizzare per ulteriori analisi, creare e conservare set di specie se viene utilizzato il formato di Mase o Nexus, inserire linee di commento nella parte inferiore dello schermo e eseguire ricerche. Inoltre, è possibile calcolare, disegnare, importare e salvare gli alberi filogenetici del DNA o della proteina, la trama, salvare stampa e copiare gli alberi filogenetici ed eseguire un'analisi di 'Dot Plot' di due sequenze. Linea di fondo Tutto sommato, Seaview risulta essere un programma avanzato per più allineamento di sequenze e filogeniosi molecolari, ed è adatto soprattutto per gli utenti di power. Recensito da Ana Marculescu, ultimo aggiornamento il 26 settembre 2014

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