Treefit. Analisi dei dati genetiche semplificata.
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Treefit. Classifica e riepilogo

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Treefit. Descrizione

Gli alberi evolutivi sono frequentemente utilizzati per descrivere le relazioni genetiche tra popolazioni. Gli alberi gerarchici e biforcati sono un modello ragionevole per l'evoluzione delle sequenze e delle specie di DNA, ma possono o non possono essere appropriate per descrivere il tronco della popolazione nelle popolazioni collegate dal flusso genico. Ad esempio, se le popolazioni sono disposte in un modello di pietra stepping, le relazioni genetiche tra le popolazioni non seguiranno un modello gerarchico e gli alberi tradizionali di unione o upgma non possono essere strumenti appropriati per descrivere la struttura di tali popolazioni. TreeFit è una semplice applicazione sviluppata per aiutarti ad analizzare il modo in cui un albero si adatta ai dati genetici da cui è stato calcolato l'albero. Treefit crea alberi di giuntura del vicino e upgma da una matrice genetica della distanza, e quindi confronta la distanza genetica osservata tra le popolazioni con la distanza genetica nell'albero. La somiglianza tra queste distanze è espressa come R-Squared, la statistica familiare utilizzata per riassumere la diffusione di punti attorno a una linea di regressione dei minimi quadrati.

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