Treefinder. calcola alberi filogenetici da sequenze molecolari
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Treefinder. Classifica e riepilogo

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Treefinder. Descrizione

L'applicazione TreeFinder calcola alberi filogenetici dalle sequenze molecolari. Il programma deduce anche grandi alberi per la massima probabilità con una varietà di modelli di evoluzione della sequenza. Accetta sia il nucleotide che i dati degli amminoacidi e prende in considerazione l'eterogeneità del tasso. Si possono presumere modelli separati per le partizioni di dati definite dall'utente, le tariffe separate, le lunghezze separate del bordo, le composizioni separate del carattere. Tutti i parametri possono essere stimati dai dati. La ricerca dell'albero può essere guidata da vincoli topologici forniti dall'utente e alberi di partenza. C'è un proponente modello per proporre modelli appropriati di evoluzione della sequenza. La fiducia degli alberi inferiori può essere valutata da bootstrapping parametrico e non parametrico, vari test sui siti accoppiati (ELW, BP, KH, SH, WSH, AU), anche in combinazione con criteri informatici, supporto Edge di LR-ELW. Ci sono strumenti per manipolare i dati degli alberi e della sequenza, visualizzare le frequenze di base, il consenso di calcolo e gli alberi di distanza, conte topologie. I limiti di confidenza e altre statistiche possono essere ottenuti per tutti i risultati numerici. Il programma può stimare i tempi di divergenza per levigatura dei tassi. Un'interfaccia grafica dell'utente rende l'uso di treefinder molto intuitivo. I file di dati e i parametri di ricostruzione possono essere scelti in modo interattivo, i risultati verranno visualizzati sullo schermo. TreeFinder è programmabile nel linguaggio di programmazione indipendente funzionale e del sistema TL, che offre una vasta gamma di funzionalità e consente al ricercatore di creare applicazioni specifiche del problema. Parti del software sono scritte in TL e possono essere modificate dall'utente. La lingua TreeFinder TL è un linguaggio di programmazione per uso generico con numerosi strumenti specializzati per gestire i dati biologici. Serve come un'interfaccia di programmazione del programma TreeFinder. Questo manuale sta dando una panoramica di TL. Ciò che rende TL diverso da altri linguaggi di programmazione è che supporti una varietà di stili di programmazione. In qualsiasi momento, un programmatore può scegliere lo stile di programmazione che è il più potente in una determinata situazione.

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