Tagsort. TagSistal è un programma di database creato per semplificare la raccolta, l'ordinamento, il confronto e l'identificazione delle sequenze di tag sage
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Tagsort. Classifica e riepilogo

Tagsort. Tag

etichetta Banca dati gestore della banca dati sorter Estensione salvia Confronto

Tagsort. Descrizione

TAGSORTER è un programma di database creato per semplificare la raccolta, l'ordinamento, il confronto e l'identificazione delle sequenze di tag SAGE. L'analisi seriale dell'espressione genica (salvia) è un'alta attraverso la tecnica put per misurare i profili di espressione genica (Velculescu et al, 1995). Rivela sia l'identità delle trascrizioni espresse che la loro relativa abbondanza. Può anche essere usato come mezzo di scoperta genica. L'uso del saggio è cresciuto costantemente dalla sua invenzione nel 1995 e i profili di espressione genica sono stati generati da una varietà di tessuti e organismi. Una breve panoramica della tecnica di saggio è la seguente. Il RNA Messenger viene raccolto dal tessuto sperimentale e viene convertito in doppio cDNA bloccato in modo tale che la coda PolyA di ciascun messaggio sia etichettata Biotin. Questo cdna viene digerito con l'enzima di restrizione nlaiii e utilizzando l'etichetta di biotina i 3'-la maggior parte dei prodotti di digestione nlaiii vengono catturati. Un adattatore del sito di restrizione BSMFI viene quindi ligato a questi frammenti. BSMFI Clita il DNA in una posizione circa 14 paia di base dal suo sito di riconoscimento. Ciò si traduce in tag di sequenza espressa breve (EST) da una posizione definita all'interno di ciascuna delle trascrizioni dell'mRNA presente nel tessuto originale. Questi frammenti vengono quindi ligati insieme per formare un concatemerica di EST che sono clonati in un vettore plasmido standard e sequenziato. Ogni clone può contenere tag identificativi per un massimo di sessanta trascrizioni mRNA. Poiché la posizione relativa di ciascun tag è nota e consistono in 10 coppie di base di nuova sequenza, una volta escluso il sito Nlaiii, che identifica in modo univoco la trascrizione dell'mRNA da cui sono stati generati.

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