 | Sweblast.divide una sequenza di query o sequenze |
| Scarica ora | |
Sweblast. Classifica e riepilogo
Annuncio pubblicitario
Sweblast. Tag
Sweblast. Descrizione
SWEBLAST (BLast basato su Window Sliding Blast) è un programma di riga di comando scritto in Perl per l'uso su Windows, Linux e Mac. Il componente principale di Sweblast.pl, dividerà una sequenza di query, o sequenze, fornita in un formato FASTA, in una serie di successive di lunghezza e sovrapposizione scelte e invializzate queste successivamente alla struttura BLAST di Genbank. I risultati della ricerca vengono raccolti in un singolo file, Blast.txt, in una sottocartella. Questo viene analizzato dal secondo componente, Sweblast_Parser.pl e i risultati inseriti in una sottocartella come serie di file CSV da esaminare utilizzando un programma di fogli di calcolo standard, come Excel. Per esaminare gli argomenti o le opzioni disponibili, si può eseguire il programma utilizzando l'opzione -Help perl sweblast.pl -help. -Help o -h: mostra questo messaggio. -Input o -i: file di input (dati). -output o -o: cartella di uscita (opzionale). -Window o -w: lunghezza della finestra Default 100 (opzionale). -Step o -s: lunghezza del passo: predefinito 50 (opzionale). -Database o -d: database Genbank da cercare: NR predefinito (opzionale). -Program o -p: programma da utilizzare: BLASTN, BLASTP, BLASTX - Blastn predefinito (opzionale). -Espect o -e: aspettarsi (facoltativo). -Entrez o -Q: Entrez Query (opzionale) Comando booleano per limitare la ricerca di esplosioni (ad esempio "virus non virus della patata Y "). -Parse o -r: per chiamare sweblast_parser.pl (facoltativo). -CutOff o -c: scarti colpisce con un valore elettronico maggiore (opzionale). o utilizzare il menu interattivo eseguendo il programma senza argomenti e segui il prompt: Perl Sweblast.pl.
Sweblast. Software correlato
IDAPI32CFG.
Aggiorna file di configurazione BDE BDE BIRING (Borland Database Motore) (IDAPI32.CFG) ...
37 KB