Statalign. Software per analisi bayesian di sequenze di proteine, DNA e RNA
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Statalign. Descrizione

Statalign è un'applicazione avanzata e open source progettata per consentire di eseguire l'analisi del DNA. Allineamenti multiple, alberi filogenetici e parametri evolutivi sono co-stimati in un quadro di Markov Catena Monte Carlo, consentendo una misura attendibile dell'accuratezza dei risultati. Questo approccio elimina gli artefatti comuni che i metodi tradizionali soffrono, a costo di un aumento del tempo computazionale. Questi artefatti comprendono la dipendenza della filogenia costruita su un singolo allineamento e pregiudizi (probabilmente subtimimale) e pregiudizio verso l'albero guida su cui si basa l'allineamento. I modelli dietro l'analisi consentono il confronto delle sequenze evolutivamente lontane: il modello di cancellazione dell'inserzione TKF92 può essere accoppiato a un modello di sostituzione arbitraria. Una vasta gamma di modelli per i dati nucleotidi e amminoacidi è inclusa nel pacchetto e il sistema di gestione del plug-in garantisce che i nuovi modelli possano essere facilmente aggiunti.

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