Snpsift. manipolare facilmente i file VCF dalla CLI
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Snpsift. Classifica e riepilogo

Snpsift. Tag

manipolatore manipolare manipolazione

Snpsift. Descrizione

Snpsift è una collezione semplice e accessibile di strumenti che può aiutarti a manipolare i file di Variant Call Format (VCF). Snpsift è stato progettato utilizzando il linguaggio di programmazione Java e può essere eseguito su tutti i principali sistemi operativi disponibili. Caratteristiche principali: Filtro: è possibile filtrare utilizzando espressioni arbitrarie, ad esempio "(Qual> 30) | (esiste InDEL) | (Countet> 2)". Le espressioni effettive possono essere piuttosto complesse, quindi consente un sacco di flessibilità. Annota: puoi aggiungere 'ID' da un altro database (E.G. Varianti da DBSNP) Casecontrol: puoi confrontare quante varianti sono in "caso" e in gruppi "controllo". Calcola anche i valori P (test esatto Fisher). TSTV: calcola il rapporto di transiton in Transversion. Intervalli: varianti filtranti che si intersecano con gli intervalli rmrefgen: rimuovere il genotipo di riferimento (cioè sostituisci '0/0' genotipi da '.')

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