Snoopccgh. Un visualizzatore di dati di ibridazione genomica.
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Snoopccgh. Classifica e riepilogo

Snoopccgh. Tag

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Snoopccgh. Descrizione

Snoopcch è un programma desktop Java, progettato per aiutarti a visualizzare ed esplorare dati genomici comparativi di ibridazione (CGH). Il software consente all'utente di analizzare in modo interattivo diversi set di dati contemporaneamente. L'input si basa su un formato tab-, spaziale o delimitato da virgola, contenente serie di valori di intensità del registro corrispondenti a uno o più confronti o campioni. Snoopcch fornisce grafici di cGH con zoom illimitato (in entrambi gli assi) che può essere esplorato in modo interattivo con il mouse. L'uso di più strati, che può essere impilato e combinato, facilita la visualizzazione dei dati. È possibile applicare diversi livelli a una trama per filtrare i rapporti CGH o eseguire analisi statistiche nelle regioni di interesse. I metodi di analisi sono stati implementati e consentono la visualizzazione rapida e la dissezione delle variazioni strutturali putative (SVS). In particolare, i dati sono levigati utilizzando un algoritmo basato su Wavelet Haar, e le isole dei potenziali SVI sono stimate utilizzando SW-ARRAY. Rimuoviamo i valori anomali prima della stima per aumentare la robustezza e stimare i livelli di significatività statistica e robustezza dei SVI PUSATIVI usando le permutazioni. Questa quantificazione dei SVI PUTIATIVE porta a una capacità di classificare le regioni di interesse. Altri algoritmi di rilevamento SV potrebbero essere integrati in futuro. Una potente caratteristica di Snoopcch è la sua capacità di interfacciarsi con file di annotazione scaricabili da browser genomici, che includono informazioni sui nomi dei geni e sulle funzionalità genomiche. L'utente ha una rappresentazione visiva delle annotazioni ai piedi della trama e può facilmente accedere alle informazioni testuali dettagliate facendo clic su di essi o dalla ricerca testuale. I collegamenti diretti ai principali browser genomici sono incorporati.

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