Simlipid. Uno strumento informatico completo per caratterizzare i lipidi utilizzando precursori e ioni dei prodotti prodotti da ...
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Simlipid. Classifica e riepilogo

Simlipid. Tag

identificatore analisi strutturale informatica

Simlipid. Descrizione

Simlipid, un software di identificazione lipidico, analizza i dati Lipid MS, MS / MS e MSE per illucidazione strutturale lipidica e la correzione delle intensità di picco sperimentale per la loro sovrapposizione isotopica. Il programma accetta i dati sperimentali MS, MS / MS e MSE (valori di m / z e intensità) ottenuti mediante spettrometria di massa in testo, MS Excel, MZData, MZXML e formato file nativo (MSE). Il software abilita l'identificazione dei lipidi e la profilazione cercando precursori rispetto alle note strutture lipidiche disponibili nel database SimlipID. Ulteriori informazioni come ID lipidico, abbreviazione lipidica, nome sistematico, composizione e altri collegamenti di database sono resi disponibili anche per un facile riferimento. Prendi Simlipid per un test drive per vedere cosa è tutto! Caratteristiche principali: Robusto database della struttura dei lipidi: Il database SimlipID è un grande database relazionale contenente 8 categorie Lipidici viz. Glicerofosfolipidi, sfingolipidi, acali grassi, glicerolipidi, steroli, prenols, saccharolipidi e poligrità con 21905 specie lipidici. Altri collegamenti di database includono Kyoto Encyclopedia di geni e genomi (Kegg), database metabolome umano (HMDB), entità chimiche di interesse biologico (CEBI), database di sostanze Pubchem, lipidbank e lipidat. Il database viene continuamente aggiornato. Frammenti teorici di lipidi dalle categorie Viz. I glicerofosfolipidi, i glicerolipidi, i lipidi del prenol e i saccharolipidi sono disponibili insieme alle loro masse teoriche e alle corrispondenti strutture del frammento. Gestione del progetto: SimlipID fornisce una gestione completa del progetto, associando i risultati dell'analisi dei lipidici con i profili di input e i parametri di ricerca. Puoi creare un numero qualsiasi di progetti. I progetti possono essere classificati sulla base di un obiettivo di origine, laboratorio o di ricerca. Ricerca MS Lipid: SimlipID consente la profilazione lipidica cercando ioni di precursore lipidistici contro le note strutture lipidiche disponibili nel database Simlipid per sfingolipidi, acile grassi, glicerolipidi, steroli, prenoli, saccarolipidi, polisetrici e glicerofosfolipidi. Gli utenti possono eseguire la ricerca MS LipID per dati ad alta risoluzione con una tolleranza di errore inferiore o uguale a 20 ppm o 2000 millidalton (MDA). SimlipID supporta , , , , IONI nella modalità ION positiva e , , , , e nella modalità ionica negativa. SimlipID offre un'interfaccia utente intuitiva per eseguire una tali analisi dei dati lipidi con facilità. Eucidazione strutturale lipidica Utilizzo dei dati MS / MS e MSE: SimlipID supporta la liquucinatura strutturale dei lipidi utilizzando i dati MS / MS e MSE per glicerofosfolipidi, glicerolipidi, lipidi di prenol e saccharolipidi. I lipidi identificati sono ordinati in base a un innovativo algoritmo di classifica che indica il relativo grado di prossimità dei lipidi teorici con i dati sperimentali. È possibile analizzare dati di massa accurati ad alta risoluzione con tolleranza di errore tra 1-20 parti per milione (PPM) e da 0,1 a 2000 millidaltons (MDA). Vengono visualizzate anche strutture dimensionali dei lipidi identificati. Elevata rettifica isotopica Isotopica Correzione dei dati MS Lipid: La correzione dell'isotopo di un profilo è una delle misure obbligatorie per facilitare una quantità accurata dei lipidi da miscele biologiche. SimlipID fornisce un modulo di throughput elevato per calcolare le percentuali di isotopo e correggere le intensità di picco sperimentale osservate per le loro sovrapposizioni isotopiche. I valori di intensità corretta possono essere esportati in formati di file compatibili con foglio di calcolo. Annotazione di spettri di massa con lipidi identificati SimlipID può annotare gli spettri di massa con i lipidi identificati per MS, MS / MS e dati MSE. Questo aiuta a interpretare gli spettri di massa evidenziando i valori sperimentali M / Z che corrispondono a quelli delle strutture lipidiche teoriche dal database dei prodotti. Per una migliore caratterizzazione dei lipidi, ogni picco abbinato può essere annotato con il nome del frammento lipidico o la sua corrispondente formula chimica lipidica. Gli spettri di massa annotati possono essere giudicati / ridimensionati sia per adattarsi a una pagina o in base all'area di interesse. Un utente può ingrandire / ingrandire / ridurre in una posizione di stampa specifica utilizzando il cursore del mouse o specificando la gamma M / Z. Inoltre, gli utenti possono esportare gli spettri annotati come immagini (in formati PNG e JPEG) che possono essere inclusi in MS PowerPoint, facilitando la condivisione delle informazioni tra i gruppi di ricerca . Genera rapporto: L'utente può generare un report completo in un file .CSV di formato compatibile del foglio di calcolo, file .xls o .html del file. L'analisi dei dati che è stata eseguita per il taccuino, la pubblicazione o la condivisione di informazioni sui colleghi. Per ciascun modulo, un'interfaccia intuitiva consente all'utente di personalizzare le informazioni che sarebbero incluse nel report. Ciò può includere la M / Z, la massa delta in MDA, PPM o DA, valore intensità, modalità ION, abbreviazione lipidica, ID lipidico e struttura molecolare del valore di intensità del lipidico, corretto dopo aver calcolato la percentuale isotopica e / o gli spettri di massa annotati. Ricerca del database: Puoi anche cercare una struttura lipidica di interesse per abbreviazione lipidica / nome comune, massa, composizione chimica o ID lipidico.

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