Simcoal. simula la diversità genetica molecolare con l'aiuto di questo strumento.
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Simcoal. Classifica e riepilogo

Simcoal. Tag

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Simcoal. Descrizione

SIMCOAL è un'applicazione utile e facile da usare appositamente progettata per aiutarti a simulare la diversità genetica molecolare in un numero arbitrario di popolazioni aploide esaminate per un insieme di loci completamente collegati. Si basa sull'approccio coalescente retrospettivo inizialmente descritto da Kingman (1982b; 1982A) e chiaramente esposto in una serie di altri documenti (Ewens 1990; Hudson 1990; Donnelly e Tavaré 1995). L'approccio all'indietro coalescente non simula la storia genetica dell'intera popolazione, come nelle simulazioni in avanti convenzionali, ma piuttosto ricostruisce la genealogia genica (storia coalescente) di campioni di geni tratti da diverse demose in una popolazione. Per i geni neutri, questo processo coalescente dipende essenzialmente dalla storia e dalla demografia della popolazione ed è indipendente dal processo mutazionale. Questo programma simula mutazioni a partire dal più recente antenato comune (MRCA) di tutti i geni del campione, e aggiungili indipendentemente su tutti i rami della genealogia assumendo un processo di Poisson uniforme e costante. Usando questo approccio in due fasi (coalescente-mutazione), molti replicati di campioni di apicoltura delle sequenze di DNA, i dati RFLP o Micaratelliti possono essere simulati molto rapidamente. L'analisi di un gran numero di campioni simulati consente di ottenere la distribuzione empirica di praticamente qualsiasi statistica che può essere derivata dai dati genetici, comprese le statistiche per le quali non è disponibile alcuna derivazione analitica (Hudson 1993). Le applicazioni tipiche del programma includono lo studio dell'effetto delle demografie complesse sul modello della diversità genetica all'interno e tra le popolazioni, come nel caso di bottiglia di bottiglia, casi complessi di sistemi di additivi o metapopolazione. Mentre questa applicazione genera campioni di geni o haplotipi, i dati diploidi possono essere generati sotto l'ipotesi di equilibrio hardy-weinberg prendendo coppie casuali di aplotipi per formare genotipi diploide

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