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Sammate. Classifica e riepilogo
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Sammate. Tag
Sammate. Descrizione
Sammate è uno strumento utile e facile da usare appositamente progettato per il rapido elaborazione dei file SAM per automatizzare alcune delle procedure più standard nell'analisi dei dati RNA-Seq. Utilizzando file di annotazione standard o personalizzati, SAMMATE consente agli utenti di calcolare accuratamente la copertura di lettura breve per qualsiasi intervalli genomici. In particolare, per i dati RNA-Seq, il SAMMATE calcola accuratamente i punteggi di abbondanza dell'espressione genica per eventuali intervalli genomici personalizzati utilizzando letture brevi originarie da entrambe le scale di esoni che di Exon-Exon. Sammate calcola anche velocemente una mappa del segnale intero genoma presso la risoluzione di base-saggio, che è l'input richiesto per risolvere una serie di problemi di bioinformatica. Sammate esporta un file wiggle per la visualizzazione di allineamento nel browser del genoma UCSC e un rapporto di statistiche di allineamento. Sammate è compatibile con tecnologie di sequenziamento single-end e riunione. Caratteristiche principali: Calcolando il punteggio di abbondanza della funzione genomica utilizzando i dati RNA-Seq Generazione della mappa del segnale per il rilevamento del picco Generare file Wiggle per la visualizzazione Generazione del rapporto di allineamento Personalizza il file di annotazione genica Personalizza il nome del cromosoma nel file di output
Sammate. Software correlato
