Protomo. Un quadro per le simulazioni di dinamiche molecolari.
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Protomo. Classifica e riepilogo

Protomo. Tag

simulazione simulare simulatore molecolare smorzamento dinamiche Vista molecolare Pacchetto di dinamiche molecolari Reti di interazione molecolare. Visualizzazione molecolare Editor molecolare Minerario molecolare Simulazione della dinamica molecolare Quadro bio-informatico File di traiettoria DCD simulare dinamiche molecolari. diametro molecolare Simulazione molecolare Sistema molecolare Trova sottostrutture molecolari Dinamiche molecolari animare la traiettoria molecolare Analizzatore di dinamiche molecolari. Philogenia molecolare Studiare le dinamiche molecolari. phylogenetics molecolari simulazioni simulazioni software

Protomo. Descrizione

Protomol è un utile scopo orientato agli oggetti, basato su componenti, progettato appositamente per le simulazioni di Dynamics Molecular (MD). Il framework supporta i campi di forza di Charmm 19 e 28A2 ed è in grado di elaborare i file di traiettoria PDB, PSF, XYZ e DCD. È progettato per un'elevata flessibilità, una facile estensione e manutenzione e richieste ad alte prestazioni, compresa la parallelizzazione. La tecnica di più tempo a passo di tempo viene utilizzata per migliorare l'efficienza a lungo termine. L'uso di algoritmi di valutazione della forza elettrostatica rapida come Ewald, Particle Mesh Ewald (PME) e MultGrid (MG) Smontaggio migliora ulteriormente le prestazioni. I passaggi di tempo più lunghi sono possibili utilizzando Molly, Langevin Molly e ibrido Monte Carlo, naso-Hoover e gli integratori di Langevin. Caratteristiche principali: Un quadro basato su componenti orientato agli oggetti per le simulazioni di dinamiche molecolari Progettato per alta flessibilità, facile estensione e manutenzione e richieste ad alte prestazioni Parallelizzazione incrementale che combina l'ambiente sequenziale e parallelo Supporto dei programmi di integrazione più generici di integrazione temporale Forze e potenziali generici Algoritmi di valutazione della forza elettrostatica veloce: Singolazione di Ewald, O (N3 / 2) Particle-mesh-ewald, o (n log n) Metodo multi-griglia, O (N) Supporto dei formati I / O comuni (pre e post-elaborazione) 106 sistemi di particelle

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