Prody. Pacchetto Python open source per analisi delle dinamiche strutturali proteiche
Scarica ora

Prody. Classifica e riepilogo

Prody. Tag

analisi proteina dinamica analizzare le proteine analisi delle proteine

Prody. Descrizione

Pacchetto Python open source per analizzare le dinamiche strutturali proteiche Pody è un pacchetto Python gratuito e open source per analizzare le dinamiche strutturali proteiche. Permette un'analisi quantitativa di set di dati strutturali sperimentali eterogenei e confronto con dinamiche conformi teoricamente previste. È progettato e sviluppato da Ahmet Bakan a Bahar Lab presso l'Università di Pittsburgh. L'ingresso per Prody è le coordinate atomiche della proteina della query in formato file PDB o semplicemente l'ID PDB o la sequenza di aminoacidi della singola lettera della proteina. Vengono utilizzati parser Prody Pody veloci e flessibili per recuperare il set di dati corrispondenti dei file PDB dal server FTP PDB ed estrarre i dati di coordinata e altre informazioni pertinenti. Prody emette i modelli dominanti nella variabilità strutturale estratta dall'analisi dei componenti principali (PCA) dei set di dati sperimentali e le modalità normali che descrivono la dinamica intrinseca delle proteine predette da analisi della modalità normale (NMA) basata su modelli di rete elastici (ENMS).

Prody. Software correlato