Prodar Cerca file PDB per gli allineamenti strutturali della proteina candidati
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Prodar Classifica e riepilogo

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proteina sequenza PDB. Allineamento delle proteine

Prodar Descrizione

Prodar, noto anche come il radar proteico è costruito come strumento di ricerca che interroga il PDB per gli allineamenti strutturali candidati. L'input per la ricerca è una struttura di backbone proteica Leggi da un file PDB standard (testo) e i risultati restituiti sono basati esclusivamente sulla somiglianza strutturale della spina dorsale senza alcun riguardo alle informazioni sulla sequenza. ProDAR identifica le partite parziali, in modo che una sezione relativamente piccola della struttura della query possa essere abbinata a sezioni di altre strutture nel PDB indipendentemente dalla dimensione relativa delle catene. L'intenzione è che lo strumento identifica automaticamente domini e motivi comuni in strutture proteiche altrimenti dissimili. Questi possono quindi essere strutturalmente allineati in uno strumento diverso per trovare un RMSD (Prodar rende solo suggerimenti).

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