Phylonet. Analizza le relazioni evolutive reticolari con questa applicazione.
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Phylonet. Classifica e riepilogo

Phylonet. Tag

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Phylonet. Descrizione

Phylonet è uno strumento utile e facile da usare appositamente progettato per offrire agli utenti una suite di strumenti per ricostruire e analizzare le relazioni evolutive reticolari (non treelike). In particolare, il pacchetto software include funzionalità per il trasferimento del gene orizzontale inervare da un paio di alberi di specie / gene e rilevare i punti di interruzione di ricombinazione interspecifica in un allineamento della sequenza. Inoltre, ha le capacità di leggere / immagazzinare le reti filogenetiche e confrontando le topologie dei reti filogenetiche. Poiché gli algoritmi per la ricostruzione e la valutazione della rete filogenetica fanno uso di tecniche algoritmiche dal dominio degli alberi filogenetici, il pacchetto contiene anche diverse funzioni orientate all'albero, come i moduli per il calcolo dei substrelle del contratto massimo, le misure di distanza Robinson-foulds, ecc. Caratteristiche principali: MAST - Accordo massimo Sottostrare RF - Robinson-foulds / Misura dell'albero di differenza simmetrica Riatahgt - Un euristico per rilevare eventi HGT da un paio di specie / alberi genici lca - meno comune antenato di un set di nodi in un albero Record - Un metodo basato su finestra per rilevare i punti di interruzione di ricombinazione interspecifica Charnet - Uno strumento per calcolo cluster, alberi e tripartizioni in una rete cmpnets - uno strumento per il calcolo della distanza tra due reti Netpars - Uno strumento per segnare il parsimonio di reti filogenetiche Countcoal - Uno strumento per enumerare tutti i validi scenari coalescenti di un gene all'interno dei rami di un albero di specie GencPlex - Uno strumento per generare una formulazione MILP che può essere risolta da Clex per un alberi di specie e un set di alberi geni Generazione - Uno strumento per generare le specie Tree Topoloties a base su serie massimali di cluster compatibili. Compute_st (questo strumento è uno script Perl) - per ricostruire l'albero delle specie dagli alberi genici sotto la coalescenza. inferno_st - per inferire l'albero delle specie dagli alberi genici. I metodi contenuti includono MDC, MDC con tempo, vetro, consenso a maggioranza esteso e voto democratico. Deep_coal__count - per il conteggio del numero di lignaggi extra contribuiti da un set di alberi geni e alberi di specie SIM_GTINNETWORK - per simulare alberi geni sotto il modello di rete filogenetica nello Yu et al. Syst Biol 2010 Paper

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