Opencdsturf. Compute CD Cavity Accessibilità
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Opencdsturf. Classifica e riepilogo

Opencdsturf. Tag

Derivato

Opencdsturf. Descrizione

Opencdsurf è stato sviluppato appositamente come strumento open source in grado di calcolare l'accessibilità alla cavità nei derivati della ciclodextrina (CD). OpenCdsturf è stato sviluppato con lo scopo di elaborare l'output di una traiettoria di una dinamica molecolare (MD), precedentemente convertita in una raccolta di file PDB. Il programma identifica automaticamente ogni singolo CD nel file PDB, indipendentemente dal fatto che sia solo, derivatizzato o incluso in addottitori macromolecolari e calcola la superficie accessibile del solvente della sua cavità. Per realizzare questo compito, ogni cavità del CD viene prima riempita con gli atomi di ossigeno; Successivamente, l'algoritmo Edtsurf sviluppato nel laboratorio Zhang è invocato, che calcola la superficie accessibile del solvente (SAS) di questi atomi, tenendo conto di altri atomi alla fine presenti nell'ambiente che potrebbe ostacolare l'accesso alla cavità, ad es. gli atomi dei monomeri di zucchero da soli o altre meieties che possono essere collegate al nucleo del CD. OpenCdsturf è controllato tramite un'interfaccia della riga di comando.

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