Ontomina ONTOMINE è un software di data mining utilizzato per l'estrazione molecolare automatizzata per la bioattività, la tossicità e la previsione dell'effetto collaterale. L'ontomina è basata su proprietà sperimentalmente determinate da circa 100.0
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Ontomina Classifica e riepilogo

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molecolare Evoluzione molecolare grafica molecolare estrazione dei dati estrazione motore minerario visualizzare strutture molecolari Modellazione molecolare Geometria molecolare Calcolatore molecolare Process Mining struttura molecolare Mining del testo Viewer molecolare Vista molecolare Descrittore molecolare Macchina molecolare Pacchetto di dinamiche molecolari Reti di interazione molecolare. Modello molecolare Visualizzazione molecolare Editor molecolare modellatore molecolare schizzi molecolari Orbitale molecolare analisi molecolare progettazione molecolare Designer molecolare Macchia sequenza interattiva Minerario molecolare Test bio-attività Strumento minerario Piattaforma mineraria di testo Algoritmo minerario di testo simulare dinamiche molecolari. diametro molecolare Simulazione molecolare grafica molecolare Sistema molecolare Trova sottostrutture molecolari Rappresentazione molecolare Dinamiche molecolari Simulatore molecolare animare la traiettoria molecolare superficie molecolare Topologia molecolare Philogenia molecolare Molecolare neutro Sequenza molecolare phylogenetics molecolari sequenza mining. Descrittore molecolare CDK Viewer a 3-D molecolari

Ontomina Descrizione

Un software di data mining utilizzato per l'estrazione molecolare automatizzata per la bioattività L'ontomina è un software di data mining utilizzato per l'estrazione molecolare automatizzata per la bioattività, la tossicità e la previsione dell'effetto collaterale. L'ontomina è basata su proprietà sperimentalmente determinate da circa 100.000 diverse molecole piccole, raccolte da database, enciclopedie e altra letteratura seguita da una cura esperta. Questo set di dati è formulato in alberi gerarchici composti da diverse migliaia di classi di bioattività, obiettivi di droga, aree terapeutiche, effetti avversi e tossicità. Ogni classe è rappresentata da un'impronta digitale per le relative molecole per le loro proprietà molecolari, come presenza / assenza / conteggi di catene laterali / attività chimiche, strutture ad anello ecc. Ontomina e confronto con altri metodi esistenti Altri approcci di previsione della bioattività attualmente utilizzati possono essere classificati in tre categorie: * Grafico teorica e sottostruttura, descrittori chimici topologici e fisico-chimici * Massime sottostrutture comuni, impronte digitali somiglianze e metodi di apprendimento automatico * Metodi di quartiere Atom Tuttavia, questi metodi sono attualmente limitati da fattori come la dependance delle metriche della distanza, i cut-off non sono rappresentativi di attività, difficile da costruire modelli QSAR a diversi livelli diversi, ad es. Obiettivi di droga, processi biologici e area terapeutica e interpretazione dei risultati. Ontomina (noi brevettati) è alternativa a questi metodi, trasformando le informazioni strutturali per molecole chimicamente, biologicamente o farmacologicamente correlate a uno schema gerarchico di concetti e descrittori. L'ontomina scopre i modelli nello schema correlato e prevede attività biologica, utilizzando le regole dedute dall'analisi dei modelli. Un vantaggio significativo degli algoritmi ontomini è che abilitano il salto di scaffold, poiché lo scaffold principale non viene conservato quando viene scoperta la caratteristica dei modelli di un'attività. I modelli ontomini rappresentano le condizioni "necessarie ma non sufficienti" per la bioattività indipendentemente da un impalcatura. L'hopping esplicito può essere eseguito generando isomeri costituzionali e selezionando molecole interessanti utilizzando la base. I risultati di ontomina sono presentati come semplici schemi comprensibili rappresentativi dell'attività. Inoltre, le previsioni ontomine sono scalabili a milioni di molecole. Inoltre, i set di dati ontomina curati possono essere aggiunti con set di dati interni delle attività di molecola misurate delle collezioni composte interne.

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