Navigatore Software di visualizzazione delle reti di interazione proteica-proteina.
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Navigator è un'applicazione utile e facile da usare appositamente progettata per aiutarti a visualizzare e analizzare le reti di interazione proteica-proteina. Navigator può interrogare OPHID / I2D - Database online dei dati di interazione - e reti di visualizzazione in 2D o 3D. Per migliorare la scalabilità e le prestazioni, il navigatore combina Java con OpenGL per fornire un sistema di visualizzazione 2D / 3D su più piattaforme hardware. Questo strumento fornisce anche funzionalità analitiche e supporta formati di importazione ed esportazione standard come Vai e l'iniziativa degli standard Proteomics (PSI). Caratteristiche principali: Navigator combina un sistema di visualizzazione implementato in OpenGL con un'interfaccia utente grafica e algoritmi analitici implementati in Java. Le reti possono essere caricate da un file (formati delimitati da tabulazione, navigatore XML, BIOPAX o PSI) o possono essere generati dinamicamente eseguendo una query visiva a OPHID / I2D (database di interazione interologica - un database online di noto, HTP e interazioni proteiche-proteine previste per umane, ratto, mouse, volare, verme e lievito) o c c ... L'area di lavoro del navigatore supporta più pannelli di rete che possono essere manipolati tagliando, copiando e incollando nodi e bordi. Le reti possono essere esportate in formati delimitata, del navigatore XML, PSI o PIJek, e più formati grafici (BMP, JPG, TIFF, SVG, PDF). Le reti possono essere visualizzate in 2D e 3D. I nodi possono essere posizionati utilizzando una miscela di layout automatico diretto di forza e posizionamento manuale. Uno degli algoritmi automatici di layout utilizzati è un algoritmo di layout diretto a forza multilivello chiamato Grip (disegno grafico con posizionamento intelligente) . A causa della complessità del tempo quasi lineare della presa, il navigatore può visualizzare interactomi completi da I2D. Subnetworks che sono altamente interconnessi e nodi che sono hub (cioè che interagiscono con molti altri nodi), possono essere identificati automaticamente per l'analisi dell'aiuto. I gruppi di nodi possono essere crollati in nodi compositi, manualmente, o in modo automatizzato. I sottoinsiemi di una rete possono essere aggiunti e manipolati utilizzando operazioni di set standard, come unione, intersezione e differenza. L'opacità dei nodi e dei bordi può essere regolato per modificare il contrasto di elementi nella rete e sottolineare gli elementi selezionati.

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