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Musite. Classifica e riepilogo

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Musite. Descrizione

Musite è un'applicazione basata su Java facile da usare progettata per offrire uno strumento di bioinformatico per prevedere i siti di fosforilazione di proteine generali e chinasi. Caratteristiche principali: per affrontare le varie limitazioni degli strumenti correnti quando si applica ai proteiomi e per utilizzare meglio l'ampia grandezza dei siti di fosforilazione verificati sperimentalmente, abbiamo sviluppato un sistema di applicazione standalone unico Musite, specificamente progettato per la previsione su larga scala del generale e siti di fosforilazione specifici di chinasi. Musite utilizzalizzato modelli di somiglianza sequenza sequenza locale (punteggi knn) e caratteristiche generiche (punteggi di disturbo e frequenze di aminoacidi) di siti di fosforilazione e impiegati un approccio di apprendimento della macchina completo per fare previsioni. Abbiamo confermato la ritrovazione precedente che i siti di fosforilazione sono situati preferenzialmente in regioni disordinate sui dati di fosfoproteomica in sei organismi. Musite è il primo strumento che fornisce un'utilità per la formazione di un modello di previsione del sito di fosforilazione dei dati dei dati degli utenti e supporta la regolazione continua dei livelli di righe energetica. Musite fornisce un'interfaccia utente grafica user-friendly, il che rende facile per i biologi eseguire previsioni in una moda automatizzata. Le applicazioni di Musite su sei proteomi hanno prodotto decine di migliaia di siti di fosforilazione putative con elevate severi. Queste previsioni forniscono utili ipotesi per le convalide sperimentali. I test di convalida cross-validazione mostrano che Musite supera significativamente gli strumenti esistenti per prevedere i siti di fosforilazione generale ed è almeno paragonabile a quelli per prevedere i siti di fosforilazione specifici di chinasi. Inoltre, come un software open source, Musite può essere servito anche come piattaforma aperta per la costruzione di un'applicazione di apprendimento delle macchine per la previsione del sito di fosforilazione.

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