Minatore opsm. File ASCII delimitato
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Minatore opsm. Classifica e riepilogo

Minatore opsm. Tag

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Minatore opsm. Descrizione

Questo pacchetto fornisce un minatore di OPSM e un progetto di informazione. Ingresso - File ASCII delimitato Tab. Le righe sono tessuti, le colonne sono espressioni geniche. Una riga può contenere una colonna di intestazione e la loro potrebbe essere una riga di intestazione. In ogni caso il numero di colonne dovrebbe essere uguale a tutte le righe. - Una riga di intestazione e una colonna possono contenere qualsiasi stringa, tutti gli altri valori devono contenere numeri. - La dimensione della matrice è T (tessuti) x g (espressioni genici). Algoritmi e bandiere L'algoritmo sta eseguendo il confronto verticale DFS, che significa due espressioni geni rispetto. - "Usa in-core Dual Confronta" - Pre-build Tutte le coppie di vettori di espressioni, questo prenderebbe la dimensione GXGXT in memoria quindi assicurarsi che possa montare la memoria. - "Supporto" - il numero di tessuti che contengono un motivo. Imposta il supporto dell'applicazione per questo numero minimo di tessuti che si desidera contenere il modello che stai cercando. L'impostazione di un numero molto alto produrrà pochissimi schemi, numero molto basso - e il mining potrebbe non essere terminato (numero esponenziale di modelli). - "lunghezza minima", "lunghezza massima" - la dimensione dei modelli che stai cercando. Imposta "lunghezza minima" in modo che l'applicazione non possa tornare modelli molto brevi e non interessanti. Imposta "lunghezza massima" per ridurre il tempo di esecuzione. - "Errori massimi" - solo per OPSM con errori. OPSM cerca modelli esatti. OPSM con errori conta un tessuto anche se contiene un numero X di geni che non si adattano al modello. - "Max Group Len" - per OPSM con gruppi, il modello viene confrontato tra gruppi di geni invece di singoli geni. Ad esempio, il modello sarà: (0.40.60.4) (0,70.8) (0.90.95) - "Max Layer Diff" - Non ricordo ... Come utilizzare OPSM con algoritmo strati Quando si impostano gli strati dovrebbero esserci un file di definizione dei livelli con lo stesso nome del file del set di dati, aggiunto con ".layers". Per esempio: Saltdat.txt. Saltdat.txt.layers. Formato file: ogni riga rappresenta un livello. Ogni strato è una gamma di colonne: 0-5. 6-10. ... ...

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