Mdl. Lingua della dinamica molecolare
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Mdl. Classifica e riepilogo

Mdl. Tag

simulazione linguaggio Simulazione della dinamica molecolare Dinamiche molecolari

Mdl. Descrizione

Consente agli utenti di rappresentare le simulazioni della dinamica molecolare (MD) ad alto livello La lingua delle dinamiche molecolari (MDL) è destinata a consentire agli utenti di rappresentare simulazioni di dinamiche molecolari (MD) ad alto livello. Ciò include la possibilità di interagire direttamente con le simulazioni di esecuzione e il prototipo di nuovi schemi di integrazione utilizzando diversi metodi, compresi sia gli oggetti che le funzioni che aggiornano la posizione e i set di velocità di aggiornamento. La lingua si basa su Python e utilizza un insieme di librerie con avvolgimenti a Swig dalla protomozione del quadro del software, sviluppato in parte per soddisfare i requisiti pesanti delle prestazioni dei calcoli di forza a lungo raggio. Aggiunta e testare nuovi algoritmi di valutazione della forza sono aiutati attraverso il design modulare di MDL, nonché nuovi protocolli di simulazione. L'API include funzionalità per accedere ai dati di simulazione, ai dati di input e di output in diversi file e formati, aggiungere schegge di dati, aggiungere diversi tipi di forze ai singoli integratori, utilizzare gli integratori esistenti dal quadro di Protomolo in Python e convertire i vettori di dati in matrici numeriche veloci .

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