Masschroq. Software di quantificazione del cromatogramma di massa
Scarica ora

Masschroq. Classifica e riepilogo

Masschroq. Tag

cromatogramma. quantificazione

Masschroq. Descrizione

Maschroq è uno strumento specializzato e versatile che svolge quantifiche sui dati ottenuti da tecniche di spettrometria della cromatografia liquida-massa (LC-MS). Maschroq può anche essere utilizzato per eseguire allineamenti, estrazioni XIC e rilevazioni di picco. Inoltre, Masschroq può essere utilizzato per: · Analizzare i dati ottenuti da sistemi di spettrometro ad alta e bassa risoluzione; · Analizzare i dati etichettati in etichetta etichettati etichettati (ad esempio Silac, ICAT, N-15, C-13, ecc.); · Effettua il tempo precisamente una grande quantità di campioni analizzati in modo diverso in un colpo (raggruppando campioni simili e offrendo la possibilità di parametrizzare l'analisi di ciascun gruppo). · Tenere conto dei trattamenti di dati complessi come frazionamento peptidrico o proteico prima dell'analisi LC-MS (SCX, SDS-PAGE, ecc.); Caratteristiche principali: Parsing dei formati di dati MZXML e MZML LC / MS. quantificazione di tutti i peptidi identificati dei campioni e / o un determinato elenco di valori di massa (m / z) valori e / o un determinato elenco di (m / z, tempo di ritenzione) coppie di valori. I peptidi identificati possono essere automaticamente integrati nell'analisi di Masschroq utilizzando la nostra pipeline X! Tandem (che esegue l'identificazione ed esporta i risultati in formato MasschroQL) o tramite i file TSV (valori separati della scheda) contenenti i risultati di identificazione ottenuti da altri software di identificazione ottenuti da altri software di identificazione ottenuti da altri software di identificazione ottenuti da altri software di identificazione ottenuti da altri software di identificazione . Sono disponibili due metodi di allineamento: l'allineamento obi-warp di terze parti basato su dati di livello 1 MS è integrato in Masschroq e l'allineamento di MS2 sviluppato in-house in base alle informazioni di livello MS Livello 2. La quantificazione in Masschroq viene eseguita su XICS (cromatogrammi ioni estratti): dopo l'estrazione e il filtro XIC, i picchi vengono rilevati con le trasformazioni morfologiche (vedere il manuale dell'utente per i dettagli). Le aree di picco (cioè il valore quantificazione) e i limiti vengono quindi calcolati. La corrispondenza del picco viene eseguita (dopo l'allineamento se presente) come segue: un picco rilevato è assegnato a un peptide identificato se e solo se il tempo di ritenzione (allineato) di questo peptide si trova all'interno dei confini di punta. La corrispondenza del picco in Masschroq può essere eseguita in due round: un primo durante la quantificazione e una volta terminata la quantificazione, l'utente può eseguire un secondo round di corrispondenza di picco migliorato, tenendo conto dei tempi di ritenzione dei picchi precedentemente abbinati. Sono disponibili vari filtri XIC: movimenti i filtri mediani / media per regolare il segnale, i filtri di rimozione del rumore del segnale e di base, filtro anti-spike per rimuovere i picchi causati da alcuni spettrometri ad alta risoluzione, filtri morfologici, ecc. L'utente può esportare i risultati in formati TSV, Gnumeric, XHTML e Masschroqml. Sono pronti per l'uso automatico in software statistico (come R) o per esplorazione manuale / visiva. Valutazione di Masschroq su complessi dati privi di etichetta ottenuti da spettrometri di massa bassi che ad alta risoluzione consentivano la misurazione dei bassi CV per la riproducibilità tecnica (1,4%) e alti coefficienti di correlazione alla quantità di proteine (0.98)

Masschroq. Software correlato