Imas. Visualizza e analizza le informazioni genomiche con l'aiuto di questa applicazione.
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Imas. Classifica e riepilogo

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Imas. Descrizione

IMAS o il sistema di analisi multigenomico interattivo è un nuovo sistema Visual Analytics appositamente progettato per la scoperta della conoscenza in informazioni genomiche. IMAS consente agli scienziati genomici di analizzare rapidamente una serie di sequenze genomiche microbiche utilizzando strumenti come Glimmer, Blast, Clustalw, Primer3 e Transterm e visualizzare l'output di questi strumenti in un quadro genomico unificato. IMAS fornisce all'utente un'interfaccia grafica di zoom 1 dimensionale a una sequenza genomica. L'utente può interagire con la sequenza da analizzare per la presenza di regioni di codifica, che possono essere ulteriormente analizzate dall'allineamento della sequenza con i database locali e remoti utilizzando BLAST. I risultati degli esplosioni vengono visualizzati in un framework grafico unificato che consente all'utente di filtrare e selezionare Blast hit di interesse. I colpi di esplosioni selezionati possono essere quindi mulziali con clustalw e questi multialignamenti vengono visualizzati utilizzando il quadro grafico comune. I multialignments e gli allineamenti a coppie possono essere annotati dall'utente per il riferimento futuro e i report HTML possono essere generati mostrando questi risultati. Caratteristiche principali: Interfaccia utente Zoomable - Veloce! Esegue programmi di analisi localmente (BLAST, GLIMMER, Clusal ...) IMAS BLAST può cercare il database NCBI NR Esegue Hmmpfam sulla copia locale dei dati PFAM può creare BLAST DBS da InsdSeq XML Files

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