Il piccolo workbench di RNA di UEA Suite di strumenti per l'analisi dei piccoli dati dell'RNA da dispositivi di sequenziamento di nuova generazione
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L'UEA Small RNA Workbench è un'applicazione sviluppata per aiutare i biologi analizzare i dati SRNA singoli o multipli da impianti e animali. È possibile utilizzare questa applicazione per identificare i punti di riferimento interessanti (come il rilevamento di nuove sequenze di micro rna) o altre attività come i piccoli modelli di espressione RNA di profilazione nei dati genetici. Caratteristiche principali: Remover dell'adattatore: rimuove i frammenti dell'adattatore dai dati di sequenza di lettura brevi raw e dei dati di uscita dei dati sul formato Fax. . Filtro: produce una versione filtrata di un set di dati SRNA, controllato da diversi criteri definiti dall'utente, compresa la lunghezza della sequenza, l'abbondanza, la complessità, il trasferimento e la rimozione del RNA ribosomiale. . Mircat (categorizzazione Mirna): prevede miRNA mature e i loro precursori da un set di dati SRNA e un genoma. Siloco (confronto corto Locus RNA interferimento): confronta i livelli di espressione SRNA in più campioni di raggruppamento SRNAS in loci in base alla posizione genomica. Ta-Sirna (RNA interferimento breve trans-ascante): previsione di ta-sirnas graduati nei set di dati della pianta SRNA. Mirrof (Mirna Profiler): Determina i livelli di espressione normalizzati di SRNAS corrispondenti miRNA conosciuti in MiRBASE. Annotatura per tornanti: genera una struttura secondaria da una sequenza di RNA e mette in evidenza regioni di interesse utilizzando RNAPLOT. VISSR (visualizzazione di SRNAS): Genera una rappresentazione visiva di SRNAS e funzionalità genomiche importate dall'utente. Paresnip: identificare gli obiettivi di MiRNA evidenziati attraverso il degradome

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