Hapmixmap. hapmixmap è un programma per la modellazione di haplotipi estesi negli studi di associazione genetica
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Hapmixmap. Classifica e riepilogo

Hapmixmap. Tag

Gestisci l'associazione gene Dafault Image Association. Modifica associazione programma Haplotype. gene candidato Haplotipi estesi Tag SNP Genotype. loci. Programma genetico a valle Analisi delle Haplotipi HAPLOTYPES GOAT. Analisi delle associazioni genetiche Analizza l'associazione genetica

Hapmixmap. Descrizione

È possibile utilizzare HapmixMap per testare facilmente tutti i localiin un gene candidato in cui i tag sns sono stati digitati in casi e controlli Hapmixmap è un programma per la modellazione di haplotipi estesi negli studi di associazione genetica. È principalmente inteso a modellare HapMap Haplotipi utilizzando i dati del genotipo SNP Tag. Hapmixmap è un programma per la modellazione di haplotipi estesi negli studi di associazione genetica, simile al programma FastPhase sviluppato da Scheet e Stephens (2006). Il programma modella i dati genotipi non infestati sugli individui non correlati e si adattano a un modello in cui lo squilibrio del collegamento è generato da K I processi di arrivo di Poisson indipendenti corrispondenti a K Modal Haplotyype. Ciò corrisponde all'osservazione che tipicamente 2-4 aplotipi comuni rappresenta la maggior parte della diversità allelica in qualsiasi blocco di aplotipo, e che gli aplotipi rari sono tipicamente leggeri varianti di questi haplotipi modali. La struttura a blocchi di aplotipi nel genoma, corrispondente alle hotspot di ricombinazione ancestrale, è modellata consentendo al tasso di arrivo di variare attraverso il genoma. Questo modello è simile a quello utilizzato in Admixmap per modellare l'addizioni tra le popolazioni e la maggior parte del codice di HapmixMap deriva da AdmixMap. Il programma genera la distribuzione posteriore di haplotipi attraverso ogni cromosoma, dato i dati genotipi non utilizzati osservati. I test del punteggio per associazione con una variabile di risultato sono costruiti mediando una media di questa distribuzione posteriore. Per una variabile di risultato binaria (come in uno studio del caso-controllo) il programma si adatta a un modello di regressione logistico. Per un tratto quantitativo, il programma si adatta a un modello di regressione lineare e per i dati di sopravvivenza-tempo il programma si adatta a un modello di regressione di COX. Il programma è destinato ad essere utilizzato con i dati genotipo di HapMap: un set di dati è disponibile per un pannello di 60 individui non correlati in ciascuno dei tre gruppi continentali. Questi dati genotipo possono essere combinati con i dati genotipo sugli individui in studio (tipicamente una collezione di control-control) in un sottoinsieme dei luoghi di HapMap. Di solito questo sottoinsieme di HapMap LOCI sarà tag SNPS come quelli sugli array di affamytrix o illumina). Il programma modella quindi la struttura aplotipo della popolazione, utilizzando i dati sia dal pannello HapMap che dagli individui in studio, e genera la distribuzione posteriore dei genotipi in tutti i luoghi diligente non adupissi negli individui in studio. Utilizzando HapmixMap, qualsiasi studio di associazione genetica con un pannello di tag SNPS può essere analizzato come se tutti i loci in HapMap fossero stati digitati. Il test del punteggio per l'associazione consente correttamente per l'incertezza in inferenza dei genotipi a loci non implicati. Esercita anche, come sottoprodotto, una misura dell'efficienza del design dello studio nel testare ciascun locus, rispetto a uno studio in cui il locus è digitato direttamente). Questo è il rapporto tra osservato per completare le informazioni nel test del punteggio. Questo può essere utilizzato per valutare l'adeguatezza di un tag Pannello SNP e per decidere se è probabile che un'ulteriore genotipinazione di loci non imponenti possano produrre qualsiasi ulteriore informazione. hapmixmap richiede r da installare sul tuo computer. R è un programma di analisi statistico gratuito

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