 | FastA.Un'applicazione di confronto di proteine o nucleotidi veloci |
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FastA. Classifica e riepilogo
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FastA. Tag
FastA. Descrizione
Faska è una suite applicativa completa che può essere utilizzata per il confronto rapido proteico o nucleotidrico. Questo programma raggiunge un alto livello di sensibilità per la ricerca di somiglianza ad alta velocità. Ciò si ottiene eseguendo ricerche ottimizzate per gli allineamenti locali utilizzando una matrice di sostituzione. L'alta velocità di questo programma si ottiene utilizzando il modello osservato di Word Hits per identificare potenziali partite prima di tentare la richiesta più ottimizzata in termini di tempo. Il compromesso tra velocità e sensibilità sono controllati dal parametro KTUP, che specifica la dimensione della parola. Aumentare il KTUP riduce il numero di colpi di sfondo. Non tutti gli hit di parole sono indagati, ma inizialmente cerca inizialmente il segmento contenente diversi successi nelle vicinanze.
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