Famd. Analizza sequenze di DNA con questo strumento.
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Famd. Descrizione

Le impronte digitali del DNA (AFLP, RAPD, ISSRS, ecc.) Gli studi portano intrinsecamente le incertezze con loro, indipendentemente dal fatto che sia il rumore associato alla tecnica o errori realizzati nel punteggio, ecc. Puoi segnare i tuoi dati usando l'assenza / presenza (0/1). Ciò significa che tenterai di partizionare i punti dati su cui non si è sicuri in assenze e presenze (da conservare, probabilmente assenze piuttosto che presenze). In alternativa, è possibile consentire incertezze: (0 /? / 1). Ciò consente di avere in seguito un secondo sguardo ai tuoi dati e chiedi quale impatto informa questo dati ambiguo o mancante potrebbe avere sulla tua analisi. FAMD è un po 'facile da usare Application appositamente progettato per aiutarti a farlo. Indirizzando specificamente i dati mancanti (o ambigui), FAMD implementano quanto segue: · Calcolo minimo / massimo / medio (DIS) di somiglianza che consente la stima della misura a cui i dati mancanti possono influire sull'analisi. · Giaccard, dadi, somiglianze SMC, distanze Neili e Euclidee · Uscita di matrici a distanza · Riamplezione dei dati mancanti · Stima dell'Indice di Shannon tramite bootstrapping. · UPGMA, NJ, rigoroso e di maggioranza Alberi di consenso regola · Stima del supporto R · PCOA (analisi delle coordinate principali) e Viewer 3D con supporto bitmap e metafile · Amova per tutte le misure implementate (DIS) di similarità · Esportazione di dati in un numero di formati come Nexus, progetto Arlequin, hindex, hickory (blocco di alleli nexus), genepop, ntsyspc, struttura, hindex. · Stima bayesiana della frequenza di allele null popolazione e calcolo delle distanze inter-popolazione.

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