Dotplot. Strumento di analisi della trama Dot
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Dotplot. Classifica e riepilogo

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Dotplot. Descrizione

Per una soddisfazione rapida, provare a confrontare due sequenze subunità del recettore del recettore di acetilcolina neuronali di acetilcolina da SwissProt salvato sotto i file dei file A2 e A3. L'interfaccia è come qualsiasi altro programma Windows. Utilizzare il menu Popup file per caricare la sequenza orizzontale. Ottieni una finestra di dialogo che elenca tutti i file nella directory corrente. Selezionare A2, quindi il programma fornisce una finestra di dialogo Seqinfo, che ti dice un po 'della sequenza che hai appena caricato cioè. Il suo nome, lunghezza, formato di sequenza e se è il DNA, l'RNA o la proteina. Fare clic su OK. Quindi ripetere la sequenza verticale, scegliendo A3. Come nella versione MSDOS, ci sono due modi per calcolare il Dotplot, descritto in dettaglio di seguito. Per una soluzione rapida, utilizzare l'opzione Identities nel menu Popup Disegna. I parametri predefiniti sono una dimensione della finestra di 10 e una soglia di 6. Questo dà una linea diagonale sullo schermo. Prova a tweaking the dtotplot facendo clic sui parametri e impostare la soglia su 1. Abbastanza, non è vero? Puoi persino vedere le tre regioni transmembrane nel mezzo della proteina e la transmembrana finale al C-Terminus. Prova a trovare le ripetizioni interne in un recettore del fattore di crescita epidermico umano. Per fare ciò, caricare la sequenza chiamata EGFR come sia la sequenza orizzontale che quella verticale. Quindi impostare i parametri come finestra = 20 e soglia = 1. Carica la matrice PAM250.mat Punteggio utilizzando il menu Popup del file "Apri Matrix". L'applicazione Dotplot è stata sviluppata per essere lo strumento di analisi della trama DOT.

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