DTScore. Un algoritmo di ricostruzione dell'albero di duplicazione tandem basato sulla distanza
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DTScore. Classifica e riepilogo

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DTScore. Descrizione

L'applicazione DTScore è stata sviluppata per essere un algoritmo di ricostruzione ad albero di duplicazione tandem basato sulla distanza. Si basa su un semplice modello di duplicazione tandem, che presuppone una ricombinazione ineguagliabile (crossover) come unica meccanismo di duplicazione. Tutto ciò che serve come input è una matrice di distanza tra le copie. In questa matrice, le righe e le colonne devono essere ordinate nello stesso modo in cui le copie sono ordinate sul locus. DTScore può essere applicato a set di dati relativamente ampi (più di cento copie). Le distanze possono essere calcolate utilizzando programmi come Dnadist (sequenze di nucleotidica) o Protdist (sequenze di proteine) dal pacchetto Phylip. I tassi eterogenei di sostituzione tra i siti possono essere affrontati utilizzando il metodo Gamma, per esempio.

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