Copasi. Analisi delle reti biochimiche e simulazione semplificate.
Scarica ora

Copasi. Classifica e riepilogo

Copasi. Tag

analisi Analizzare Analisi delle reti di segnalazione Via del sistema biochimico biochimico cinetica biochimica. simulatore biochimico Analisi delle reti di contatto Equazione biochimica simulare le reti biochimiche l'analisi di reti biochimiche reti biochimiche

Copasi. Descrizione

COPASI è uno strumento affidabile progettato per aiutare ad analizzare le reti biochimiche e le loro dinamiche. Caratterizza un facile da usare interfaccia grafica che permette di configurare le reti, aggiungere le attività e generare report. Questo strumento si presenta come un programma stand-alone che supporta i modelli della serie SBML e possono simulare il loro comportamento usando equazioni differenziali o algoritmo di simulazione stocastica di Gillespie; eventi discreti arbitrari possono essere incluse in tali simulazioni. COPASI svolge diverse analisi della rete e le sue dinamiche e ha una vasta supporto per la stima dei parametri e ottimizzazione. COPASI fornisce mezzi per visualizzare i dati Terreni personalizzabili, istogrammi e animazioni di diagrammi di rete Caratteristiche principali: Modello: rete reazione chimica. funzioni arbitrarie cinetiche. ODE per i vani, le specie e le quantità globali. Assegnazioni per i vani, le specie e le quantità globali. assegnazioni iniziali per scomparti, specie e quantità globali. SBML importazione (L1V1 + 2, L2V1-4) e l'esportazione (L1V2, L2V1-4). Analisi: stocastico e simulazione naturalmente tempo deterministico analisi stato stazionario (compresa la stabilità). analisi di controllo metabolico / analisi di sensibilità. modalità di analisi elementare. Mass analisi conservazione. Analisi tempo separazione scala Calcolo di esponenti di Lyapunov. scansioni dei parametri. Ottimizzazione delle funzioni obiettivo arbitrarie. La stima dei parametri utilizzando i dati di andamento nel tempo e / o esperimenti di stato stazionario simultaneamente. Graphical User Interface (CopasiUI) cursori per le modifiche dei parametri interattivi. tavoli Codice colore 3D grafici a barre Terreni e istogrammi. Rete visualizzazione diagramma di risultati. riga di comando (CopasiSE) per l'elaborazione batch. Le versioni per MS Windows, Linux, Mac OS X e Solaris SPARC. Caricamento di file Gepasi legacy. Esporta in Berkeley Madonna, XPPAUT, e C codice sorgente del sistema di ODE generato dal modello. Salvataggio di formule matematiche e ODE in MathML o LaTeX

Copasi. Software correlato