Circonspect. Strumento per la creazione di Contig Spectra
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Circonspect. Classifica e riepilogo

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Circonspect. Descrizione

Circonspect, anche conosciuto come, il controllo nella ricerca su Contig Spectra) è stato creato per generare spettri di Contig basati sull'assemblea di sottoinsiemi casuali di metagenomi. Gli spettri di Contig possono quindi essere modellati a valle per ottenere stime di diversità (ad esempio con i PHACC). È possibile creare diversi tipi di spettri Contig: lo spettro di Contig standard per alfa-diversità, lo spettro contig misto, per gamma-diversità e lo spettro cross-contig, per la diversità beta. Costruire uno spettro cross-contig richiede la creazione di uno spettro di contig misto, che richiede la costruzione di normali spettri di Contig basati su diversi metagenomi selezionati (file FASTA). Circonspect utilizza un database di sequenza indicizzato per memorizzare i dati temporanei. Qualsiasi programma di assemblaggio che supporta una lunghezza e somiglianza minima di sovrapposizione sono adattate; In questo momento, Minimo, TIGL Assembler, LIGL Assembler, Cap3 e Newbler sono supportati. Quando vengono eseguite più ripetizioni (bootstrapping), lo spettro contig medio è calcolato. L'utente può controllare la dimensione delle sequenze tagliandole a una determinata lunghezza e rimozione di sequenze inferiori a una soglia.

Circonspect. Software correlato