Carbone Un piccolo strumento per l'elaborazione delle probabilità dell'albero dei geni
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Carbone Classifica e riepilogo

Carbone Tag

formula Topologia gene Calcolatore di estinzione del carbone Crescita dei consumi Estinzione del carbone Menzogna utensile algebra Lie algebra Gene Tree.

Carbone Descrizione

Il programma di carbone è stato sviluppato per essere un piccolo strumento per il calcolo di probabilità dell'albero del gene e simulare alberi di gene negli alberi di specie sotto il modello coalescente. Caratteristiche principali: calcola probabilità delle topologie dell'albero genico date un albero di specie fisso con lunghezze di ramo specificate in unità coalescenti (numero di generazioni divise per il doppio della dimensione effettiva della popolazione per una popolazione diploide). entrambi gli alberi si presume che siano biforcati, sebbene le specie le lunghezze dei rami dell'albero possano essere impostate su zero per aggirare questo. multiplo (o zero) individui campionati all'interno delle specie sono consentiti, ma la notazione è specifica; Le etichette per gli individui dovrebbero essere il nome della specie seguito da un trattino, quindi un numero. Ad esempio, se A è un nome di specie, i geni campionati da A devono essere chiamati A-1, A-2, ecc. Ci sono tre file di input: un file albero di specie con alberi di specie in formato di newick; un file di tree gene, con alberi genici nel formato di newick; e un file di input con comandi, inclusi i nomi dei file delle specie e degli alberi geni, il numero di taxa e le opzioni per l'output. Le opzioni di uscita consentono di elencare o meno storie coalescenti. In caso affermativo, le formule simboliche per le probabilità dell'albero genico possono essere fornite in termini di termini P_ {UV} (vedere la carta). Altre opzioni includono la stampa della topologia dell'albero genica, calcolando probabilità cumulative per gli alberi genici all'interno di ciascun albero delle specie e contando il numero di storie coalescenti. Vedi il file della Guida per varie opzioni. Gli alberi genici possono essere simulati all'interno di alberi di specie. Attualmente questo è limitato all'unica cassa genica per specie e richiede dimensioni costanti della popolazione nell'albero delle specie. Gli alberi genici sono generati in modo che i sottoschetti siano ruotati in modo univoco. Ad esempio, se ((a, b), c) è un sottostruttura, (c, (a, b)) non sarà generato.

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