Bowtie per Linux. Bowtie per Linux è un allineatore di lettura breve di ultraformazione efficiente per la memoria
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Bowtie per Linux. Classifica e riepilogo

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Bowtie per Linux. Descrizione

Annuncio pubblicitario Bowtie for Linux è un software di casa e formazione sviluppato da Ben Langmead. Dopo il nostro processo e test, il software è dimostrato di essere ufficiale, sicuro e gratuito. Ecco la descrizione ufficiale per Bowtie per Linux: Modifica di Bowtie per Linux è un allineatore di lettura breve efficiente per la memoria. Allinea le brevi sequenze di DNA (letture) al genoma umano ad un tasso di 25 milioni di letture all'ora su una tipica workstation con 2 gigabyte di memoria. Bowtie indicizza il genoma con un indice Burrows-Wheeler per mantenere il suo impronta di memoria piccola: 1,3 GB per il genoma umano. Supporta le politiche di allineamento equivalenti a Maq e Sapone ma è molto più veloce: circa 35x più velocemente di Maq e oltre 350x più veloce del sapone quando si allinea al genoma umano. Caratteristiche: Risolti tutti i problemi noti con le opzioni --UNFA / --FS: Ora funzionano correttamente con più fili. Risolto il problema in cui sono stati talvolta invertiti la sequenza e le quns. Risolti altri problemi causando un'omissione spuria di letture non allineate. Aggiunto - Opzioni MAXFA / - MaxFQ in modo che letture che non si allineano a causa del limite -M possono essere scaricate separatamente dalle letture che non si allineano affatto. L'uscita di allineamento è ora garantita per essere "deterministica" anche quando vengono utilizzati più fili. I.e., dato che lo stesso input letture (in qualsiasi ordine) e lo stesso --seed, bowtie produrrà gli stessi allineamenti ogni volta che viene eseguito, anche se non necessariamente nello stesso ordine. Questo non tiene attraverso diverse versioni di bowtie. Più altre correzioni di bug.

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