 | Biokanga.Suite di applicazioni di bioinformatica ad alte prestazioni |
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Biokanga. Classifica e riepilogo
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Biokanga. Tag
Biokanga. Descrizione
Biokanga è una raccolta di applicazioni di bioinformatica ad alte prestazioni che si rivolgono alle sfide della prossima generazione di analitica di sequenziamento. Kanga è un acronimo in piedi per 'K-MER Adaptive Next Generation Aligner' ed è l'applicazione principale. Biokanga è un allineante di breve lettura altamente efficiente che incorpora una comprensione empiricamente derivata dall'unicità della sequenza all'interno di un genoma bersaglio per consentire un robusto allineamento dei set da set di dati di lettura del sequencer di nuova generazione in ColorSpace (ABI Solid) o Basespace (Illumina). Rispetto ad altri allineatori ampiamente utilizzati, Biokanga fornisce guadagni sostanziali sia nella proporzione che nella qualità della sequenza allineata recita a un'efficienza computazionale competitiva o aumentata. A differenza della maggior parte degli altri allineatori, Biokanga utilizza le distanze di hamming tra gli allineamenti pustivi al gruppo del genoma mirato per qualsiasi dato di lettura come i criteri di accettazione discreti piuttosto che fare affidamento sui punteggi di qualità del sequencer. Kangadna è la componente primaria di un ulteriore Two Part Toolkit destinato al gruppo De Novo dei set da dati di lettura brevi ngs. La componente secondaria, KangahRDX (K-MER Adaptive Next Gen Aligner Homozigheser riduction) è principalmente rivolta verso la trascrittomica della RNA-Seq, in base al quale i isoforme della trascrizione causano molti contigni assemblati di condivisione delle regioni di alta identità più probabili. Componenti del set di strumenti: Kangax Utilizzato per generare un database di ricerca di una serie di suffisso estremamente ottimizzato contenente il gruppo del genoma di riferimento rispetto alle quali devono essere successivamente allineati i set di dati di lettura brevi ng. Kangar Questo è il componente opzionale, che può essere utilizzato per prere elaborare i set di dati di lettura brevi NG in un formato ottimizzato per il caricamento rapido ed efficiente da parte del Kanga Aligner. Kanga Kanga è il componente allineatore. I principali input sono il database di assemblaggio del genoma di riferimento come generato da Kangax e un set di dati pre-preliminare Kangar o i file RAPPA FASTA / FASTQ Readset. L'uscita primaria da Kanga è gli allineamenti in uno dei numeri di formati di output selezionati dall'utente. Kangadna Kangadna è un assemblatore MultiPhase Greedy de Novo con l'obiettivo prioritario di fornire maggiori contenamenti di qualità di sicurezza anche se questa qualità è acquisita al costo delle misure ridotte della campata e / o del Contig Nxx. Kangadna assegna nativamente sia la base o la lopace (solido) letture. KangahRDX KangahRDX elaborerà le sequenze di Contig e identificherà le regioni che sono Inter-Contigg amozigotico. Le regioni identificate saranno rimosse da tutti tranne il contig più lungo con conseguenti contigli che sono più etryzygotici. Ciò può aiutare nell'analisi di Transcriptome di De Novo RNA-Seq o nell'Assemblea de Novo di Genomi poliplati. Generalmente KangahRDX verrà eseguito sui contigli generati da Kangadna o da un altro assemblatore, l'unica restrizione significativa che l'input deve essere bashaspace e non lopace.
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