Bioimagexd. Questo è un software gratuito e open source per l'analisi e la visualizzazione di immagini biomedica multidimensionale
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Bioimagexd. Classifica e riepilogo

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Bioimagexd. Descrizione

BIOIMAGEXD è un pacchetto software per l'elaborazione, analizzare e visualizzare i dati multidimensionali dell'immagine. Come suggerisce il nome, il software è destinato principalmente ai dati biologici, ad esempio le immagini di microscopia confocali di cellule viventi, ma è completamente adatta per lavorare con qualsiasi tipo di dati di immagine multidimensionale. Bioimagexd ha un'interfaccia utente semplice e intuitiva basata su una singola finestra di grandi dimensioni e le sue operazioni sono state progettate per essere coerenti e funzionali. BIOIMAGEXD offrirà funzioni avanzate di input / output file e modalità di visualizzazione multiple (che vanno dalla semplice vista della fetta 2D alla rappresentazione avanzata 3D). Questi possono essere liberamente combinati con una delle numerose modalità di attività (compresa la fusione del canale, l'analisi della colocalizzazione, la correzione dell'intensità e i vari filtri per la rimozione del rumore, la segmentazione, il monitoraggio, le misurazioni, ecc.). L'animatore incorporato consente di creare movimenti incredibili in quanto ha il pieno controllo della fotocamera Pathsm time point cambia e visualizzando angoli. Caratteristiche principali: Visualizzazione dell'immagine: Aprire i dati in formati di microscopia comuni (o immagini o pile di immagini e serie temporali) e visualizza l'immagine dei dati per immagine. Elaborazione delle immagini: Regolare il colore / luminosità / contrasto / gamma, cambiare colore o tavolozza di un set di dati / canale, filtrarre il rumore, corretto per la fluorescenza sbiancamento dei dati della serie temporale. Rendering del volume 3D: I set di dati 3D possono essere interattivamente il volume reso Film Making: Utilizzare il modulo di animatore per impostare un percorso della telecamera attorno ai dati 3D e creare un film di IT spinning e volare però zoomando in qualsiasi modo che ti piace. I dati della serie temporale sono supportati: "Dati 4D". Analisi della colocalizzazione: Sappiamo che tutti i biologi cellulari che utilizzano la microscopia confocale sono sempre alla ricerca della colocalizzazione! Il nostro strumento di colocalizzazione consente di analizzare la colocalizzazione dell'intensità del segnale in un set di dati 3D multicanale, evitando il problema della colocalizzazione falsa vista nelle immagini di proiezione dello stack Z, ed eseguire alcune analisi statistiche che ti offrono numeri duri sulla quantità e sulla qualità di colocalizzazione nei tuoi dati. Utilizza algoritmi simili a quelli in Imagej, ad esempio il plugin WCIF per soglie automatiche di colocalizzazione, utilizzando il metodo dei costi et al. Image AFM Visualizzazione: Microscopia a forza atomica e tecniche di imaging correlate rendono le immagini che possono essere rese come superfici 3D. Possiamo anche aggiungere alcuni filtri utili e simili. Forse ha qualche tipo di forma AFM - PDB o Struttura Cryoem / Strumento di montaggio del modello. Comaprison delle immagini di altezza della superficie cellulare con set di dati 3D confocali. Multiprocessore, calcolo parallelo, cluster e supercomputer: Come parte del progetto FINHPC, pianifichiamo di abilitare BIOIMAGEXD di eseguire l'elaborazione di immagini e altre funzioni in parallelo e con il codice vettoriale specifico della CPU (motore ALIVEC / VELOCITY su G4 e G5 e MMX SSE SSE2 SSE3 su IX86), sul desktop Computer, cluster, workstation, server e super computer con ampia memoria condivisa

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