Bamarray. Analisi bayesiana della varianza per microarrays
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Bamarray. Classifica e riepilogo

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Bamarray. Descrizione

Bamarray è un'applicazione avanzata e professionale che implementa il tehcnique BAM. BAM è una nuova tecnica statistica per rilevare i geni differenzialmente esprimenti dai dati dei microarray. Al centro del metodo è uno speciale tipo di tecnica di rilevamento del segnale che schiaccia il falso segnale mentre lascia il solo segnale reale. I metodi standard cercano i geni facendo affidamento sulle statistiche di test elementari utilizzando i dati da un gene alla volta (come T-test o contrasti da modelli ANOVA). Gli elenchi geni sono ottenuti mediante filtrando le statistiche tentando di controllare l'errore generale di tipo-i o falsa velocità di rilevamento o filtrando utilizzando un livello di taglio specificato dall'utente. BAM prende un approccio fondamentalmente diverso e si concentra invece sulla stima dell'effetto differenziale di un gene sintetizzando le informazioni su tutti i geni contemporaneamente. Piuttosto che filtrare i geni, gli effetti stimati sono mappati in tipi di modelli. Il meccanismo di rilevamento del segnale speciale di BAM si riduce a zero effetti stimati per i geni improbabili che esprimano differenzialmente, e di conseguenza i modelli di interesse diventano altamente interpretatibili utilizzando strumenti di visualizzazione grafica. I modelli di interesse potrebbero essere geni "hit-and-run" che influenzano un sistema biologico solo per un certo periodo di tempo o geni coinvolti in tutto il processo. BAM si applica ai disegni sperimentali multigroup, come i dati raccolti su diverse fasi di una malattia. Altre applicazioni includono la profilazione del tempo di espressione del gene per i dati del tempo, il rilevamento del profilo superiore, l'invariante ha impostato la normalizzazione, i mapping dei trascrittive del gene Atlas, oltre a molti altri problemi. Caratteristiche principali: Bamarray è un'applicazione Java user friendly che viene eseguita su diversi sistemi operativi. Bamarray può anche essere eseguito incustodito in modalità batch avviata da un file di script. La modalità batch può elaborare diversi file di dati in sequenza e salvare l'analisi risultante su disco. Scrivere script progettati personalizzati consentono agli utenti di interfacciarsi con diversi tipi di software, come bioconduttore e r. Bamarray ha una funzione di salvataggio che consente agli utenti di salvare i risultati di una corsa per il recupero successivo. Una corsa che può richiedere minuti per l'esecuzione può essere ripristinata in pochi secondi usando la funzione Ripristina. Salva Esecuzione può anche essere attivato in modalità batch. I disegni sperimentali con gruppi illimitati sono ospitati. I grafici di visualizzazione sono disponibili per identificare tipi specifici di modelli geni. Bamarray classifica automaticamente i geni in modelli genici. Bamarray è quasi automatico e privo di parametri di sintonizzazione complicati. La maggior parte dei metodi statistici richiedono un valore di filtraggio specificato dall'utente per identificare geni significativi. Bamarray fornisce un valore automatico. Le varianze ineguali in tutti i geni e i gruppi sperimentali sono gestiti sistematicamente da una fase automatizzata di pre-elaborazione che non smorzano o amplifica le differenze di gruppo in tutti i geni (come visto con altre trasformazioni, come logaritmi). Strumenti grafici Utilizzando Zoom-in e lassuning consentono agli utenti di generare in modo interattivo elenchi di geni. Le etichette del gene possono essere attivate o disattivate consentendo che i geni di interesse siano prontamente identificati. I geni specifici possono essere evidenziati utilizzando un elenco a discesa o popolando un elenco di monitoraggio da etichette geni trovate in un file esistente. Gli elenchi geni possono essere esportati. Gli elenchi di esportazione possono essere automatizzati utilizzando la modalità batch. Le figure possono essere salvate come grafica a colori di qualità di pubblicazione. I grafici per testare le ipotesi sottostanti del modello sono incluse come parte della suite grafica. supporta JRE 6.

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