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Rsmatch. Classifica e riepilogo
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- Licenza:
- Freeware
- Nome editore:
- Bin Tian
- Sito web dell'editore:
- http://exon.umdnj.edu/
- Sistemi operativi:
- Mac OS X
- Dimensione del file:
- 850 KB
Rsmatch. Tag
Rsmatch. Descrizione
Allineamento delle strutture secondarie dell'RNA e della ricerca dei motivi dell'RNA RSMatch è un pacchetto gratuito e facile da usare progettato per fornire un approccio leggero per confrontare le strutture RNA, scoprendo così elementi della struttura funzionali. Rispetto ad altri strumenti per il confronto della struttura dell'RNA, RSMatch è veloce, che richiede tempo quadratico determinato dalle dimensioni di due determinate strutture. RSMatch utilizza due schemi di punteggio, I.e. Posizionare gli schemi dipendenti indipendenti e di posizione. Lo schema indipendente della posizione implica due matrici di punteggio, una per le regioni squilibrati e l'altra per le regioni a doppio filamento. Questo schema di punteggio è utilizzato nei confronti dei paio-saggi e nelle ricerche del database. Lo schema dipendente dalla posizione, noto anche come profilo, segna la singole posizioni di struttura e viene utilizzata dalle funzioni di ricerca del database della struttura multipla e delle funzioni di ricerca del database iterativo. RSMatch fornisce opzioni di allineamento globali e locali anche se quest'ultimo è più utile nella maggior parte dei casi. Inoltre, RSMatch può prendere strutture basate sul modello come input.note: gli esempi SOEM sono disponibili qui. Requisiti: · Java.
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