Malva Costruisce gli allineamenti multipli globali delle sequenze del genoma riorganizzate
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Costruisce gli allineamenti multipli globali delle sequenze del genoma riorganizzate Mauve è un sistema per costruire in modo efficiente più allineamenti del genoma multiplo in presenza di eventi evolutivi su larga scala come il riarrangiamento e l'inversione. L'allineamento del genoma multiplo fornisce una base per la ricerca sulla genomica comparativa e lo studio delle dinamiche evolutive su una nuova scala. Allineamento di tutti i genomi è un problema fondamentalmente diverso rispetto all'allineamento di sequenze brevi. Mauva è stata sviluppata con l'idea che un allineamento del genoma multiplo dovrebbe richiedere solo modeste risorse computazionali. Mauve impiega tecniche algoritmiche che si adattano bene nella quantità di sequenza che sono allineate. Per esempio, un paio di genomi di y. pestis possono essere allineati in meno di un minuto, mentre un gruppo di 9 genomi enterobatteri divergenti può essere allineata in poche ore. Cosa c'è di nuovo in questa versione: Nuove caratteristiche: · Compatibilità con versioni precedenti di Mac OS X Bugs riparato: · L'uscita SNP ora gestisce i file di sequenza dei casi misti e caratteri gap · L'utilizzo della memoria Aligner è stato semplificato, con conseguente riduzione dei requisiti di memoria per gli allineamenti con molti genomi · Correggere per bug che ha impedito a riordinare i genomi del progetto di formato Genbank sulla riga di comando · Risolto un incidente quando generano mamme · Segnala un errore quando le sequenze contenenti lacune sono utilizzate come input · Rimuovere le nuove linee aggiuntive nell'output di ortologio · Risolto un bug di disegno rettangolo OpenJDK

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