Genodive. Applicazione user-friendly per eseguire analisi della genetica della popolazione
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Genodive. Classifica e riepilogo

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Genodive. Descrizione

Applicazione user-friendly per eseguire analisi della genetica della popolazione Genodive è un'applicazione user-friendly per eseguire analisi della genetica della popolazione. È dotato di un'interfaccia utente intuitiva e senza disconnessione, dietro la quale si trovano potenti strumenti statistici. Genodive può gestire i dati genetici e le matrici di distanza e i dati ecologici, consentendo di combinare i dati da diverse fonti in un'unica analisi. Caratteristiche genodive Diverse analisi che non sono disponibili in altri programmi come clustering k-mezzi a Amova, test per la riproduzione clonale e Amova per i dati polipliidi e i coefficienti standardizzati di differenziazione della popolazione. E, meglio di tutti, opere genodive su un Mac! Ecco alcune caratteristiche chiave di "Genodive": · Molti diversi tipi di inferenze: le caratteristiche genodive con molti tipi diversi di inferenze statistiche, alcune delle quali non sono disponibili in nessun altro software di genetica popolazione. Le inferenze incluse sono tra le altre: un'analisi flessibile della varianza molecolare, la stima dei coefficienti standardizzati della differenziazione della popolazione, il clustering della popolazione della popolazione, il clustering delle popolazioni utilizzando un approccio di ricottura simulato, assegnando l'identità genotipica (cloni) agli individui, test per la riproduzione clonale, test resistente Equilibrio Weinberg, calcolo dell'indice ibrido per individui e diversi tipi di test del camino. · Analizzare più set di dati ... contemporaneamente! Tutti i mac che vengono venduti oggigiorno contengono più nuclei di processore. Tuttavia, la maggior parte dei programmi è in grado di utilizzare solo una parte della potenza di questi nuovi computer in quanto impiega solo un singolo processore alla volta. Genodive rileva automaticamente il numero di processori presenti nel computer e divide le attività lunghe su di esse tutte. I calcoli si svolgono sempre in background, in modo da poter eseguire altre analisi in attesa dei risultati di un'analisi più lunga. · Più formati di dati: Genodive può gestire tre diversi tipi di dati: MarkerData (ad es. Da Micaratelliti), matrici di distanza (ad es. Distanze genetiche a coppie tra le popolazioni) e altri dati generici (ad esempio le coordinate delle popolazioni), che possono essere combinate in inferenze statistiche. L'importazione di dati in Genodive è facile: basta aprire un file e Genodive determinerà automaticamente quale tipo di dati è e caricherà i dati in memoria. Genodive rileverà anche se MarkerData è in Genodive, Fstat, Genepop, Spagedi, Genetix, Bayesass, Structure o Migrate Formato. · Includere ed escludere facilmente le osservazioni: la maggior parte dei set di dati della vita reale sono lontani da perfetti, alcuni loci possono essere più difficili da segnare di altri e ci saranno sempre persone la cui estrazione del DNA ha prodotto DNA di bassa qualità. Nella maggior parte dei programmi questo significa lasciare il programma, modificando il inputfile e quindi riavviare nuovamente il programma con il nuovo file. Genodive rende facile includere o escludere loci, individui, cloni, livelli di stoffa, popolazioni, o anche interi gruppi di popolazioni, quindi è possibile valutare l'effetto di tali valori anomali sull'esito delle analisi. · Una visione chiara sui tuoi dati: Genodive ha un'interfaccia chiara, sgombra, che semplifica la possibilità di tenere una panoramica dei dati e delle analisi. Puoi scegliere tra la visualizzazione dei dati come testo normale o visualizzarlo come matrice. Il gruppo di ispettore mostra le informazioni più importanti per i dati correnti: quanti individui sono inclusi per popolazione, il numero di gruppi di popolazioni, che LORIG è incluso, il numero di alleli per locus e un registro con le analisi che sono state eseguite su questo set di dati. · Vaste opzioni di ricerca: con genodive puoi cercare i tuoi dati in modi diversi: da Allele, dal nome individuale, dalla popolazione, da clone, o da tutte quelle categorie allo stesso tempo. La ricerca può essere molto specifica: puoi per esempio cercare tutti i nomi della popolazione che iniziano con la stringa "NL" o tutti gli alleli più lunghi di 150 bp.note: questa è una versione preliminare pubblica che Nmeans che l'app contiene ancora bug, E alcune analisi non sono ancora pienamente implementate. Se usi questa versione beta, sei vincolato dall'onore di segnalare eventuali problemi, bug o lode che potresti avere all'autore. Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Migliore compatibilità con Mac OS 10.6 "Snow Leopard". · Rimosso la possibilità di mostrare lo schermo spruzzata all'avvio, poiché ciò potrebbe portare a schianto. · Risolto il bug nella lettura del formato Genepop. · Ristrutturazione interna delle procedure di assegnazione.

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