Findpeaks. Esegue analisi sugli esperimenti di chip-seq
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Findpeaks. Descrizione

Esegue analisi sugli esperimenti di chip-seq FindPeaks è un software gratuito sviluppato per eseguire analisi degli esperimenti di chip-seq. Findpeaks utilizza un algoritmo ingenuo per identificare le regioni di alta copertura, che rappresentano l'arricchimento dell'immunoprecipitazione della cromatina dei frammenti di sequenza, indicando la posizione di una proteina legata. Una soglia di altezza minima viene utilizzata per determinare quali "picchi" sono mostrati nel file della parrucca compatibile UCSC - se non viene utilizzata alcuna soglia, vengono visualizzati tutti i letti. FindPeaks raccoglie e ordina le letture lungo ciascun cromosomi e identifica le aree di arricchimento, definite "picchi". Questi picchi sono particolarmente importanti negli esperimenti di immunoprecizzazione della cromatina (esperimenti di chip-seq o chip-solexa), in quanto indicano la posizione di una proteina legata di interesse. Requisiti: · Java. Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Bugfix: valori Normalizzati FDR

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