Dawgpaws. Assiste un gruppo di lavoro di annotazione distribuita (DAWG) nella sequenza Annotazione dei contigs di dimensioni BAC
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Dawgpaws. Classifica e riepilogo

Dawgpaws. Tag

sequenza annotare gene Annotazione genica Annotare geni annotazione di sequenza

Dawgpaws. Descrizione

Assiste un gruppo di lavoro di annotazione distribuita (DAWG) nella sequenza Annotazione dei contigs di dimensioni BAC DAWGPAWS è una suite di programmi di riga di comando scritta in Perl che accelera l'annotazione dei geni e gli elementi trasplicabili nei genomi vegetali automatizzando il processo di esecuzione dei programmi di annotazione e facilitando la cura della cura dell'annotazione delle prove combinate.Since che questa suite di software è stata inizialmente scritta per annotare grano a caso in modo casuale BACS, si riferisce come una pipeline per annotare paillettes di grano (zampe). Sebbene questi programmi siano stati inizialmente progettati per il grano, gli script possono anche essere facilmente applicati a quasi qualsiasi pipeline di annotazione sequenziale eucariotica. Gli script in questa suite sono progettati per facilitare la generazione di elementi computazionali elevate per l'annotazione del gene e l'annotazione dell'elemento trasponibile utilizzando A Numero di programmi di anotazione della sequenza esistenti. Questi risultati vengono convertiti dall'uscita nativa dei singoli programmi di annotazione al formato di file GFF standard. Poiché un file GFF è un semplice file di testo delicato di schede, più risultati computazionali per una singola sequenza possono essere facilmente concatenati insieme utilizzando strumenti di manupulation di testo standard come il gatto; Prova che i gatti e gli dawgs possono giocare bene insieme. DAWGPAWS fornisce ulteriori strumenti per facilitare l'utilizzo dello strumento di cura dell'annotazione del genoma Apollo per la visualizzazione e la cura dei risultati computazionali. Ecco alcune caratteristiche chiave di "DAWGPAWS": · Manipolazione dei file FASTA per preparare sequenze per la pipeline di annotazione · Annotazione di lacune nelle assemblee di sequenza · Esecuzione di AB Initio Gene Anotation and Transponable Element ANNOTATION Programmi in una pipeline ad alto throughput · Tupeline Blast adatto per l'uso in un quadro di calcolo del cluster · Conversione dell'uscita dal software di annotazione al formato di file GFF comune · Conversione dei file GFF al formato Game.xml · L'aiuto è disponibile in tutti i programmi della riga di comando utilizzando i flag della riga di comando. Le informazioni sulla guida e i file manuali completi sono ancora in fase di sviluppo per alcuni programmi · Le pagine manuali per i singoli programmi sono disponibili sul sito Web DAWGPAWS e includono il download del rilascio-1.0 della suite DAWGPAWS.

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