Cytoscape. Platform software open source Bioinformatics per visualizzare reti di interazione molecolare e percorsi biologici
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Cytoscape. Classifica e riepilogo

Cytoscape. Tag

visualizzare Visualizzatore Visualizza la molecola Interaction Network Visualizer. visualizzazione dei geni rete interazione

Cytoscape. Descrizione

Platform software open source Bioinformatics per visualizzare reti di interazione molecolare e percorsi biologici Cytoscape è una piattaforma software di bioinformatica open source per visualizzare reti di interazione molecolare e percorsi biologici e integrando queste reti con annotazioni, profili di espressione genica e altri dati di stato. Tuttavia, Citoscape è stato originariamente progettato per la ricerca biologica, ora è una piattaforma generale per l'analisi complessa di rete e visualizzazione. La distribuzione del core di Cytoscape fornisce un insieme di base di funzionalità per l'integrazione e la visualizzazione dei dati. Le funzionalità aggiuntive sono disponibili come plugin. I plug-in sono disponibili per analisi di profilazione di rete e molecolare, supporto di formato file aggiuntivo, scripting, nuovi layout e connessione con database.Plugins può essere sviluppato da chiunque viene incoraggiato da chiunque sia incoraggiato lo sviluppo della tecnologia Java e lo sviluppo della comunità del plugin. Ecco alcune caratteristiche chiave di "Cytoscape": Supporta molti standard: · La cytoscape supporta molti formati di file di rete e annotazione standard, tra cui: SIF (semplice formato di interazione), GML, XGML, Biopax, PSI-MI, SBML, OBO e Associazione genica. I file di testo delimitati e la cartella di lavoro MS Excel sono supportati anche e puoi importare file di dati, come i profili di espressione o le annotazioni di anticipazione, generate da altre applicazioni o programmi di foglio di calcolo. Utilizzando questa funzione, è possibile caricare e salvare gli attributi arbitrari su nodi, bordi e reti. Ad esempio, inserire un insieme di termini di annotazione personalizzati per le tue proteine, creare un set di valori di confidenza per le tue interazioni proteiche-proteine. Client di servizio Web: · La cytoscape funziona come un client di servizio web. Ciò significa che Citoscape può connettersi direttamente ai database pubblici esterni e alle importazioni di dati di rete e di annotazione. Attualmente, sono supportati i comuni per via, intatta, Biomart, NCBI Entrez e PICR. E continuiamo a sviluppare nuovi clienti servizi per i database popolari. Interoperabilità: · Poiché Cytoscape supporta i formati di file standard di importazione / esportazione, è possibile inserire facilmente il cytoscape nel flusso di lavoro. Ad esempio, se si dispone di un dato di rete generato da iGraph o Bioconductor, Cytoscape può caricare il file come tabella di testo e è possibile esportarlo in formato PSI-MI per altri strumenti di bioinformatica o i propri programmi / script. File di sessione: · Puoi salvare il tuo lavoro tramite un solo clic. Tutte le impostazioni, i file di dati e le visualizzazioni sono imballate in un file di sessione. Si chiama file di Cytoscape Session (.cys). Il file di sessione di Cytoscape include reti, attributi (per nodo / bordo / rete), stati desktop (nodi selezionati / nascosti e bordi, dimensioni delle finestre), proprietà, alcuni stati del plug-in e stili visivi. Requisiti: · Java SE 5 o successivi

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