CINGHIA Un programma Java user-friendly che allinea le proteine per sequenza e struttura 3D
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proteina allineare Biologia allinea la proteina Sequenza di mRNA. Annotazione proteica

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Un programma Java user-friendly che allinea le proteine per sequenza e struttura 3D La cinghia è un programma multipiattaforma a piattaforma che supporta l'analisi simultanea di centinaia di proteine e integra sequenza di amminoacidi, struttura 3D e sequenza genomica e mRNA, struttura secondaria e annotazione di residui. L'allineamento può essere esportato e modificato in MS-Word O altri processori di testo Il tutorial incluso insegnerà l'uso del cinturino in meno di un'ora. La scriptabilità e l'estensibilità rendono il cinturino uno strumento molto potente per gli utenti più avanzati. Ecco alcune caratteristiche chiave di "Strap": · Computazione di allineamenti alla sequenza · Computation of wiki: 3D-sovrapposizioni (uscita di esempio) e allineamenti multiple basati sulla struttura delle proteine con PubMed: TM-Align o CE o Gangsta + 3D-sovrapposizione. Allineamenti combinati della sequenza-struttura. · Visita 3D con Wiki: Pymol o Wiki: JMOL o RASMOL e VMD. In preparazione: Yasara evidenziando mutazioni, Wiki: SNPS, Wiki: confini o regioni di Exon-Intron con alta conservazione della sequenza in 3D. Selezione incrociata istantanea tra oggetti 3D, sequenze e allineamenti · Wiki: la ricerca di esplosioni incluso "Blast Alert" · Pronostico: Wiki: Transmembane Eliche, Wiki: Strutture secondarie e Wiki: Coil a spirale · Traduzione di sequenze nucleotide per sequenze di amminoacidi. Uscita di allineamenti amminoacidi come allineamenti nucleotidici. · Formati di file di proteine: Wiki: SwissProt, Wiki: PDB, Wiki: Fasla, MSF, Biowiki: Stoccolma, Wiki: Clustalw, Wiki: Nexus, HSSP Wiki: Genbank, Embbl · Alberi filogenetici con ATV, Wiki: Jalview e Genebee · Annotazioni di residui e annotazioni nucleotide Evidenziando Wiki: Espressioni regolari (I.e. Position-Patterns) Utilizzando Wiki: Ricerca incrementale e wiki: Caratteristiche della sequenza da Wiki: Das Server: Aiutando allineamenti sequenze difficili a causa della bassa somiglianza della sequenza da: · 3D-sovrapposizione di atomi C-ALPHA utilizzando CE e TM-allinea per evidenziare residui equivalenti spaziali · Dotplot. · Sequenze intermedie · Allineamenti di sequenza misti e allineamenti alla struttura proteica · Wiki: i plugin sono estensioni per la cinghia da sviluppatori di terze parti. Requisiti: · Java. · Compilatori per Objective-C e Fortran

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